PDBe CCDUtils: an RDKit-based toolkit for handling and analysing small molecules in the Protein Data Bank.
PDBe CCDUtils: an RDKit-based toolkit for handling and analysing small molecules in the Protein Data Bank.
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PDBe CCDUtils：基于RDKit的工具包，用于处理和分析蛋白质数据库中的小分子。
DOI：
10.1186/s13321-023-00786-w
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发表时间：
2023-12-02
影响因子：
8.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
虽然蛋白质数据库（PDB）包含大量与大分子结合的配体的结构信息，但由于数据的大量和多样性，它们的分析可能具有挑战性。在这里，我们提出了PDBe CCDUtils，一个多功能的工具包，用于处理和分析PDBx/mmCIF格式的PDB中的小分子。PDBe CCDUtils提供了对PDB中小分子所有元数据的简化访问，并提供了一套方便的方法来使用RDKit计算各种属性，例如2D构象，3D构象，物理化学性质，支架，常见片段以及使用UniChem的小分子数据库的交叉引用。该工具包还提供了识别大分子结构中所有共价连接的化学成分和计算小分子之间相似性的方法。通过提供广泛的功能，PDBe CCDUtils满足了化学信息学，结构生物学，生物信息学和计算化学研究人员的需求。
While the Protein Data Bank (PDB) contains a wealth of structural information on ligands bound to macromolecules, their analysis can be challenging due to the large amount and diversity of data. Here, we present PDBe CCDUtils, a versatile toolkit for processing and analysing small molecules from the PDB in PDBx/mmCIF format. PDBe CCDUtils provides streamlined access to all the metadata for small molecules in the PDB and offers a set of convenient methods to compute various properties using RDKit, such as 2D depictions, 3D conformers, physicochemical properties, scaffolds, common fragments, and cross-references to small molecule databases using UniChem. The toolkit also provides methods for identifying all the covalently attached chemical components in a macromolecular structure and calculating similarity among small molecules. By providing a broad range of functionality, PDBe CCDUtils caters to the needs of researchers in cheminformatics, structural biology, bioinformatics and computational chemistry.
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