An update on PUG-REST: RESTful interface for programmatic access to PubChem.
An update on PUG-REST: RESTful interface for programmatic access to PubChem.
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DOI：
10.1093/nar/gky294
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bolton EE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim S;Thiessen PA;Cheng T;Yu B;Bolton EE
PubChem（https：//www.example.com）是最大的开放式化学信息资源之一。它目前平均每月接收数百万独立用户，是许多研究领域的关键资源，如化学信息学，化学生物学，药物化学和药物发现。PubChem为其数据和服务提供了多种编程访问路径。其中之一是PUG-REST，这是PubChem的一个类似于Representational State Transfer（REST）的Web服务接口。平均而言，PUG-REST每天会收到来自数万个独立用户的超过100万个请求。本文提供了自2015年发表的上一篇论文以来PUG-REST的更新。这包括访问新类型的数据（例如，简明的生物活性数据、目录标题等），同步快速结构搜索的全面实现，响应NCBI GI编号的弃用而使用登录标识符支持分析数据检索，通过列表网关在PUG-REST和NCBI的电子实用程序之间进行数据交换，通过节流实现动态流量控制，以及增强的使用策略。此外，还提供了示例Perl脚本，用户可以轻松地修改，运行或翻译成另一种脚本语言。
PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) is one of the largest open chemical information resources available. It currently receives millions of unique users per month on average, serving as a key resource for many research fields such as cheminformatics, chemical biology, medicinal chemistry, and drug discovery. PubChem provides multiple programmatic access routes to its data and services. One of them is PUG-REST, a Representational State Transfer (REST)-like web service interface to PubChem. On average, PUG-REST receives more than a million requests per day from tens of thousands of unique users. The present paper provides an update on PUG-REST since our previous paper published in 2015. This includes access to new kinds of data (e.g. concise bioactivity data, table of contents headings, etc.), full implementation of synchronous fast structure search, support for assay data retrieval using accession identifiers in response to the deprecation of NCBI’s GI numbers, data exchange between PUG-REST and NCBI’s E-Utilities through the List Gateway, implementation of dynamic traffic control through throttling, and enhanced usage policies. In addition, example Perl scripts are provided, which the user can easily modify, run, or translate into another scripting language.
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影响因子：
14.9
作者：
Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
14.9
作者：
Kim S;Thiessen PA;Bolton EE;Chen J;Fu G;Gindulyte A;Han L;He J;He S;Shoemaker BA;Wang J;Yu B;Zhang J;Bryant SH
通讯作者：
Bryant SH
影响因子：
14.9
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Kim S;Thiessen PA;Bolton EE;Bryant SH
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Bryant SH
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