Clustergrammer, a web-based heatmap visualization and analysis tool for high-dimensional biological data.
Clustergrammer, a web-based heatmap visualization and analysis tool for high-dimensional biological data.
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DOI：
10.1038/sdata.2017.151
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发表时间：
2017-10-10
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Ma'ayan A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fernandez NF;Gundersen GW;Rahman A;Grimes ML;Rikova K;Hornbeck P;Ma'ayan A
大多数用于可视化分层聚类热图的工具都会生成静态图像。 Clustergrammer 是一种基于 Web 的可视化工具，具有交互式功能，例如：缩放、平移、过滤、重新排序、共享、执行富集分析以及提供动态基因注释。 Clustergrammer 可用于通过将数据表上传到网站或将 Clustergrammer 嵌入 Jupyter Notebook 来生成可共享的交互式可视化。 Clustergrammer 核心库还可以被开发人员用作工具包，在他们自己的应用程序中生成可视化。 Clustergrammer 使用来自癌细胞系百科全书 (CCLE) 的基因表达数据、通过质谱方法从肺癌细胞系收集的原始翻译后修饰数据以及来自血液的飞行时间流式细胞术 (CyTOF) 单细胞蛋白质组学数据进行了演示。 Clustergrammer 能够生成基于交互式网络的可视化，以分析不同的生物数据。
Most tools developed to visualize hierarchically clustered heatmaps generate static images. Clustergrammer is a web-based visualization tool with interactive features such as: zooming, panning, filtering, reordering, sharing, performing enrichment analysis, and providing dynamic gene annotations. Clustergrammer can be used to generate shareable interactive visualizations by uploading a data table to a web-site, or by embedding Clustergrammer in Jupyter Notebooks. The Clustergrammer core libraries can also be used as a toolkit by developers to generate visualizations within their own applications. Clustergrammer is demonstrated using gene expression data from the cancer cell line encyclopedia (CCLE), original post-translational modification data collected from lung cancer cells lines by a mass spectrometry approach, and original cytometry by time of flight (CyTOF) single-cell proteomics data from blood. Clustergrammer enables producing interactive web based visualizations for the analysis of diverse biological data.
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作者：
通讯作者：
--
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通讯作者：
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热*SEQ：用于与公共数据的高通量测序实验比较的交互式Web工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw407
发表时间：
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期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Devailly G;Mantsoki A;Joshi A
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DOI：
10.1109/tvcg.2011.185
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2011-12-01
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