A proposal for a common nomenclature for viral clades that form the species varicella-zoster virus: summary of VZV Nomenclature Meeting 2008, Barts and the London School of Medicine and Dentistry, 24-25 July 2008.
A proposal for a common nomenclature for viral clades that form the species varicella-zoster virus: summary of VZV Nomenclature Meeting 2008, Barts and the London School of Medicine and Dentistry, 24-25 July 2008.
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DOI：
10.1099/vir.0.017814-0
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发表时间：
2010-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schmid DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Breuer J;Grose C;Norberg P;Tipples G;Schmid DS
水痘-带状疱疹病毒（VZV）是水痘和带状疱疹的病因，是第一种完全测序的人类疱疹病毒，也是第一种获得许可并广泛使用的疫苗。三个小组已经发表了基于单核苷酸多态性（SNP）的基因分型方案，并在它们之间确定了五个不同的系统发育分支，另外两个推定的分支。来自世界各地的超过23个完整VZV基因组的测序进一步细化了SNP基因型之间的系统发育差异。在目前使用水痘疫苗的国家进行了广泛的监测，三种独特的基因分型方法带来了困难，这促使召开了一次国际会议，会上商定了一种基于系统发育分支的通用命名法。在本文中，我们回顾了原始的基因分型方案，并讨论了一个新的共同命名VZV株的基础。我们提出了一个最低限度的单核苷酸多态性，我们建议应使用这些病毒的基因型。最后，我们提出了新的分支可以被识别的标准。
Varicella-zoster virus (VZV), the cause of chickenpox and zoster, was the first human herpesvirus to be sequenced fully and the first for which vaccines have been licensed and widely used. Three groups have published genotyping schemes based on single nucleotide polymorphisms (SNPs) and, between them, have identified five distinct phylogenetic clades, with an additional two putative clades. Sequencing of over 23 whole VZV genomes from around the world further refined the phylogenetic distinctions between SNP genotypes. Widespread surveillance in countries in which the varicella vaccine is now in use and the difficulties posed by three unique genotyping approaches prompted an international meeting, at which a common nomenclature based on phylogenetic clades was agreed upon. In this paper, we review the original genotyping schemes and discuss the basis for a novel common nomenclature for VZV strains. We propose a minimum set of SNPs that we recommend should be used to genotype these viruses. Finally, we suggest criteria by which novel clades can be recognized.
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DOI：
10.1080/21548331.1997.11443403
发表时间：
1997-01-15
期刊：
HOSPITAL PRACTICE
影响因子：
--
作者：
Collins, FS
通讯作者：
Collins, FS
影响因子：
6.4
作者：
Lopez, Adriana S.;Burnett-Hartman, Andrea;Schmid, D. Scott
通讯作者：
Schmid, D. Scott
影响因子：
3.8
作者：
McGeoch, Duncan J.
通讯作者：
McGeoch, Duncan J.
影响因子：
--
作者：
Rawson, H;Crampin, A;Noah, N
通讯作者：
Noah, N
影响因子：
6.4
作者：
Quinlivan, M;Hawrami, K;Breuer, J
通讯作者：
Breuer, J