Photo-cross-linking and high-resolution mass spectrometry for assignment of RNA-binding sites in RNA-binding proteins.
Photo-cross-linking and high-resolution mass spectrometry for assignment of RNA-binding sites in RNA-binding proteins.
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用于RNA结合蛋白中RNA结合位点的分配的照片连接和高分辨率质谱法。
DOI：
10.1038/nmeth.3092
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发表时间：
2014-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Urlaub H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kramer K;Sachsenberg T;Beckmann BM;Qamar S;Boon KL;Hentze MW;Kohlbacher O;Urlaub H
RNA-蛋白质复合物在许多重要的生物过程中起着关键作用。虽然基于下一代测序的方法大大提高了我们识别特定蛋白质结合的特定RNA的能力，但迫切需要精确和系统的方法来识别蛋白质上的RNA相互作用位点。我们已经开发了一个综合的实验和计算工作流程相结合的光诱导交联，高分辨率质谱，并自动分析所得到的质谱识别交联肽和确切的氨基酸与它们的交联RNA寡核苷酸部分的RNA结合蛋白。通用工作流程可以应用于任何感兴趣的RNA-蛋白质复合物。应用于人和酵母的mRNA-蛋白质复合物在体外和体内证明了强大的实用性的方法，通过确定257个交联位点上的124个不同的RNA结合蛋白。为此目的开发的软件管道作为OpenMS项目的一部分作为开源软件提供。
RNA–protein complexes play pivotal roles in many central biological processes. While methods based on next-generation sequencing have profoundly advanced our ability to identify the specific RNAs bound by a particular protein, there is a dire need for precise and systematic ways to identify RNA interaction sites on proteins. We have developed an integrated experimental and computational workflow combining photo-induced cross-linking, high-resolution mass spectrometry, and automated analysis of the resulting mass spectra for the identification of cross-linked peptides and exact amino acids with their cross-linked RNA oligonucleotide moiety of such RNA-binding proteins. The generic workflow can be applied to any RNA–protein complex of interest. Application to human and yeast mRNA–protein complexes in vitro and in vivo demonstrates the powerful utility of the approach by identification of 257 cross-linking sites on 124 distinct RNA-binding proteins. The software pipeline developed for this purpose is available as open-source software as part of the OpenMS project.
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影响因子：
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作者：
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Urlaub, Henning