Using a VOM model for reconstructing potential coding regions in EST sequences
Using a VOM model for reconstructing potential coding regions in EST sequences
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使用 VOM 模型重建 EST 序列中的潜在编码区
DOI：
10.1007/s00180-007-0021-8
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发表时间：
2007
影响因子：
1.3
通讯作者：
I. Ben
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
A. Shmilovici;I. Ben
提出了一种利用变阶马尔可夫（VOM）模型对DNA编码区和非编码区进行标注的方法。使用VOM模型的一个主要优点是，它们的顺序可能因不同的序列而变化，这取决于序列的统计信息。因此，VOM模型在模型参数化方面更加灵活，并且可以在相对较短的序列和低质量的数据集上进行训练，例如表达序列标签（est）。本文提出了一种改进的VOM模型，用于检测和纠正est中常见的插入和删除序列错误。在一系列的实验中，所提出的方法对这些序列中的随机误差具有较好的鲁棒性。
This paper presents a method for annotating coding and noncoding DNA regions by using variable order Markov (VOM) models. A main advantage in using VOM models is that their order may vary for different sequences, depending on the sequences’ statistics. As a result, VOM models are more flexible with respect to model parameterization and can be trained on relatively short sequences and on low-quality datasets, such as expressed sequence tags (ESTs). The paper presents a modified VOM model for detecting and correcting insertion and deletion sequencing errors that are commonly found in ESTs. In a series of experiments the proposed method is found to be robust to random errors in these sequences.
影响因子：
14.9
作者：
Delcher, AL;Harmon, D;Salzberg, SL
通讯作者：
Salzberg, SL