Evaluation of potential reference genes in real-time RT-PCR studies of Atlantic salmon.
Evaluation of potential reference genes in real-time RT-PCR studies of Atlantic salmon.
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DOI：
10.1186/1471-2199-6-21
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发表时间：
2005-11-17
影响因子：
--
通讯作者：
Hordvik I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Olsvik PA;Lie KK;Jordal AE;Nilsen TO;Hordvik I
鲑鱼是研究最广泛的模式鱼类之一，但缺乏 qRT-PCR 研究中参考基因的系统评估报告。在大西洋鲑鱼（Salmo salar）的八个组织中检查了六个潜在参考基因的稳定性，以确定最适合用于定量实时 RT-PCR 分析的基因。除了一组经过处理的个体外，还对六只未经处理的成年鱼的鳃、肝脏、头肾、脾脏、胸腺、大脑、肌肉和后肠中编码 18S rRNA、S20 核糖体蛋白、β-肌动蛋白、甘油醛-3P-脱氢酶 (GAPDH) 的基因和编码延伸因子 1A 的两个旁系同源基因（EF1AA 和 EF1AB）的相对转录水平进行了定量。银化。根据使用 geNorm VBA 小程序进行的计算（该小程序从给定 cDNA 样本中的一组测试基因中确定最稳定的基因），成年大西洋鲑鱼中检查的基因的排名为 EF1AB>EF1AA>β-肌动蛋白>18S rRNA>S20>GAPDH。当对来自银化过程的四个阶段（幼鱼前、小鲑鱼、银化海水和去摩尔化淡水）的总共24个个体进行相同的计算时，基因排序为EF1AB>EF1AA>S20>β-actin>18S rRNA>GAPDH。总体而言，这项工作表明 EF1AA 和 EF1AB 基因可用作大西洋鲑鱼基因表达的 qRT-PCR 检查中的参考基因。
Salmonid fishes are among the most widely studied model fish species but reports on systematic evaluation of reference genes in qRT-PCR studies is lacking. The stability of six potential reference genes was examined in eight tissues of Atlantic salmon (Salmo salar), to determine the most suitable genes to be used in quantitative real-time RT-PCR analyses. The relative transcription levels of genes encoding 18S rRNA, S20 ribosomal protein, β-actin, glyceraldehyde-3P-dehydrogenase (GAPDH), and two paralog genes encoding elongation factor 1A (EF1AA and EF1AB) were quantified in gills, liver, head kidney, spleen, thymus, brain, muscle, and posterior intestine in six untreated adult fish, in addition to a group of individuals that went through smoltification. Based on calculations performed with the geNorm VBA applet, which determines the most stable genes from a set of tested genes in a given cDNA sample, the ranking of the examined genes in adult Atlantic salmon was EF1AB>EF1AA>β-actin>18S rRNA>S20>GAPDH. When the same calculations were done on a total of 24 individuals from four stages in the smoltification process (presmolt, smolt, smoltified seawater and desmoltified freshwater), the gene ranking was EF1AB>EF1AA>S20>β-actin>18S rRNA>GAPDH. Overall, this work suggests that the EF1AA and EF1AB genes can be useful as reference genes in qRT-PCR examination of gene expression in the Atlantic salmon.
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