Single molecule PCR in mtDNA mutational analysis: Genuine mutations vs. damage bypass-derived artifacts.
Single molecule PCR in mtDNA mutational analysis: Genuine mutations vs. damage bypass-derived artifacts.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2008.10.005
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发表时间：
2008-12
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Khrapko, K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kraytsberg, Y.;Nicholas, A.;Caro, P.;Khrapko, K.
体细胞mtDNA突变测量领域正处于危机之中，因为用于定量mtDNA突变的方法产生的结果会有多个数量级的变化。这些差异的原因尚不清楚，但考虑到大多数方法都涉及PCR，主要嫌疑人是PCR伪影（例如，所用DNA聚合酶的自发错误）。除了简单的错误掺入之外，人工突变的另一个重要来源是当被热稳定DNA聚合酶绕过时，化学修饰的（例如受损的）核苷酸转化为突变。这些后一种突变特别难以解释，因为没有适当的对照。在这里，我们认为，单分子PCR（smPCR）是唯一的定位，以占这些旁路相关的人工突变，并讨论在采用这种技术所涉及的方法。
The area of somatic mtDNA mutation measurement is in a crisis because the methods used to quantify mtDNA mutations produce results varying by multiple orders of magnitude. The reason for these discrepancies is not clear, but given that most methods involve PCR, the prime suspect is PCR artifacts (e,g. spontaneous errors by the DNA polymerases used). In addition to simple misincorporation, another important source of artificial mutations is the conversion of chemically modified (e.g. damaged) nucleotides into mutations when bypassed by a thermostable DNA polymerase. These latter mutations are particularly difficult to account for because appropriate controls are not available. Here, we argue that single molecule PCR (smPCR) is uniquely positioned to account for these bypass-related artificial mutations and discuss the methodology involved in employing this technique.
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