Watching DNA polymerase η make a phosphodiester bond.
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DOI：
10.1038/nature11181
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发表时间：
2012-07-11
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Yang, Wei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nakamura, Teruya;Zhao, Ye;Yamagata, Yuriko;Hua, Yue-Jin;Yang, Wei
在无镁离子存在的条件下，η、dATPDNA和dATP3种天然聚合酶在pH值为6.0的条件下结晶。聚合反应是将晶体暴露在pH为7.0的1 mM镁离子中引发，然后在77K冻结不同的时间点进行结晶学分析。底物和两个镁离子在40秒内对准反应，但新的键在80秒时开始形成。反应时间从80s到300s的结构表明，核苷转移反应的底物减少和产物增加的混合物。按顺序，亲核剂3‘-OH被去质子化，引物端的脱氧核糖从C2’-endo转化为C3‘-endo以避免空间碰撞，亲核剂与dATP的α-磷酸相互靠近形成新的键。随着新的键到达并稳定中间态的第三个镁离子，可能是双金属离子机制的一个未被重视的特征。
Native human DNA polymerase η, DNA and dATP were crystallized at pH 6.0 without Mg2+. The polymerization reaction was initiated by exposing crystals to 1 mM Mg2+ at pH 7.0, and stopped at various time points by freezing at 77 K for crystallographic analysis. The substrates and two Mg2+ are aligned for reaction within 40 seconds, but the new bond begins to form at 80 seconds. Structures at reaction times from 80s to 300s reveal a mixture of decreasing substrate and increasing product of the nucleotidyl-transfer reaction. In sequence, the nucleophile 3′-OH is deprotonated, the deoxyribose at the primer end converts from C2′-endo to C3′-endo to avoid steric clashes, and the nucleophile and the α-phosphate of dATP approach each other to form the new bond. A third Mg2+ ion, which arrives with the new bond and stabilizes the intermediate state, may be an unappreciated feature of the two-metal-ion mechanism.
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影响因子：
64.5
作者：
Franklin, MC;Wang, JM;Steitz, TA
通讯作者：
Steitz, TA
影响因子：
2.9
作者：
DING, XC;RASMUSSEN, BF;RINGE, D
通讯作者：
RINGE, D
DOI：
10.1073/pnas.0608952104
发表时间：
2007-03-13
影响因子：
11.1
作者：
Castro, Christian;Smidansky, Eric;Cameron, Craig E.
通讯作者：
Cameron, Craig E.
影响因子：
5.7
作者：
Batra, VK;Beard, WA;Wilson, SH
通讯作者：
Wilson, SH
影响因子：
11.4
作者：
Berman, Andrea J.;Kamtekar, Satwik;Steitz, Thomas A.
通讯作者：
Steitz, Thomas A.