Dynamic evolution of clonal epialleles revealed by methclone.
Dynamic evolution of clonal epialleles revealed by methclone.
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DOI：
10.1186/s13059-014-0472-5
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发表时间：
2014-09-27
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Mason CE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li S;Garrett-Bakelman F;Perl AE;Luger SM;Zhang C;To BL;Lewis ID;Brown AL;D'Andrea RJ;Ross ME;Levine R;Carroll M;Melnick A;Mason CE
我们描述了甲基克隆，一种新的方法来确定表观遗传基因座，其表观等位基因（表观遗传等位基因）的克隆性发生了很大的变化。Methclone可有效分析全基因组DNA甲基化测序数据。我们使用组成熵差计算来量化变化，并且还引入了一种新的全局克隆性偏移的测量，每百万个位点覆盖的表观等位基因偏移的位点，这使得不同样品之间的比较能够衡量整体表观等位基因动态。最后，我们证明了methclone在捕获白血病患者从诊断到复发的功能表观等位基因变化中的实用性。Methclone是开源的，可以在https://code.google.com/p/methclone上免费获得。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-014-0472-5）包含补充材料，可供授权用户使用。
We describe methclone, a novel method to identify epigenetic loci that harbor large changes in the clonality of their epialleles (epigenetic alleles). Methclone efficiently analyzes genome-wide DNA methylation sequencing data. We quantify the changes using a composition entropy difference calculation and also introduce a new measure of global clonality shift, loci with epiallele shift per million loci covered, which enables comparisons between different samples to gauge overall epiallelic dynamics. Finally, we demonstrate the utility of methclone in capturing functional epiallele shifts in leukemia patients from diagnosis to relapse. Methclone is open-source and freely available at https://code.google.com/p/methclone. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-014-0472-5) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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