The TIGR Rice Genome Annotation Resource: improvements and new features.
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DOI：
10.1093/nar/gkl976
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Buell CR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ouyang S;Zhu W;Hamilton J;Lin H;Campbell M;Childs K;Thibaud-Nissen F;Malek RL;Lee Y;Zheng L;Orvis J;Haas B;Wortman J;Buell CR
在The Institute for Genomic Research Rice Genome Annotation project（）中，我们继续使用新数据更新水稻基因组序列，并提高注释质量。在我们目前发布的注释（版本4.0; 2006年1月12日），我们已经确定了42 653个非转座元件相关基因编码49 472基因模型作为检测的结果选择性剪接。我们已经完善了转座因子相关基因的鉴定方法，得到了13237个与转座因子相关的基因。通过整合多个转录本和蛋白质组表达数据集，我们已经能够注释24 799个基因（31 739个基因模型），占总基因模型的约50%，如在水稻基因组中表达的。所有结构和功能注释都可以通过我们的水稻基因组浏览器查看，目前支持59个轨道。通过网络界面、FTP下载和为支持离散数据集下载而开发的数据提取器工具，可以增强数据访问。
In The Institute for Genomic Research Rice Genome Annotation project (), we have continued to update the rice genome sequence with new data and improve the quality of the annotation. In our current release of annotation (Release 4.0; January 12, 2006), we have identified 42 653 non-transposable element-related genes encoding 49 472 gene models as a result of the detection of alternative splicing. We have refined our identification methods for transposable element-related genes resulting in 13 237 genes that are related to transposable elements. Through incorporation of multiple transcript and proteomic expression data sets, we have been able to annotate 24 799 genes (31 739 gene models), representing ∼50% of the total gene models, as expressed in the rice genome. All structural and functional annotation is viewable through our Rice Genome Browser which currently supports 59 tracks. Enhanced data access is available through web interfaces, FTP downloads and a Data Extractor tool developed in order to support discrete dataset downloads.
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影响因子：
14.9
作者：
Ito Y;Arikawa K;Antonio BA;Ohta I;Naito S;Mukai Y;Shimano A;Masukawa M;Shibata M;Yamamoto M;Ito Y;Yokoyama J;Sakai Y;Sakata K;Nagamura Y;Namiki N;Matsumoto T;Higo K;Sasaki T
通讯作者：
Sasaki T
影响因子：
64.8
作者：
Matsumoto, T;Wu, JZ;Sugiura, M
通讯作者：
Sugiura, M
影响因子：
7
作者：
Nelson, W;Soderlund, C;Jackson, S
通讯作者：
Jackson, S
影响因子：
11.6
作者：
Vandepoele, K;Simillion, C;Van de Peer, Y
通讯作者：
Van de Peer, Y
影响因子：
9.8
作者：
Yu J;Wang J;Lin W;Li S;Li H;Zhou J;Ni P;Dong W;Hu S;Zeng C;Zhang J;Zhang Y;Li R;Xu Z;Li S;Li X;Zheng H;Cong L;Lin L;Yin J;Geng J;Li G;Shi J;Liu J;Lv H;Li J;Wang J;Deng Y;Ran L;Shi X;Wang X;Wu Q;Li C;Ren X;Wang J;Wang X;Li D;Liu D;Zhang X;Ji Z;Zhao W;Sun Y;Zhang Z;Bao J;Han Y;Dong L;Ji J;Chen P;Wu S;Liu J;Xiao Y;Bu D;Tan J;Yang L;Ye C;Zhang J;Xu J;Zhou Y;Yu Y;Zhang B;Zhuang S;Wei H;Liu B;Lei M;Yu H;Li Y;Xu H;Wei S;He X;Fang L;Zhang Z;Zhang Y;Huang X;Su Z;Tong W;Li J;Tong Z;Li S;Ye J;Wang L;Fang L;Lei T;Chen C;Chen H;Xu Z;Li H;Huang H;Zhang F;Xu H;Li N;Zhao C;Li S;Dong L;Huang Y;Li L;Xi Y;Qi Q;Li W;Zhang B;Hu W;Zhang Y;Tian X;Jiao Y;Liang X;Jin J;Gao L;Zheng W;Hao B;Liu S;Wang W;Yuan L;Cao M;McDermott J;Samudrala R;Wang J;Wong GK;Yang H
通讯作者：
Yang H