Comparative analysis of the primary transcriptome of Synechocystis sp. PCC 6803.
Comparative analysis of the primary transcriptome of Synechocystis sp. PCC 6803.
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DOI：
10.1093/dnares/dsu018
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发表时间：
2014-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Voß B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kopf M;Klähn S;Scholz I;Matthiessen JK;Hess WR;Voß B
RNA-seq，特别是差异RNA-seq型转录组学分析（RNA-seq）是一种强大的分析工具，因为它们不仅提供了对基因表达变化的见解，而且还提供了在给定时刻所有激活启动子的详细信息，有效地深入了解转录景观。Synechocystis sp. PCC 6803 （Synechocystis 6803）是一种单细胞模式蓝藻，广泛应用于生态学、光生理学、系统生物学、建模和生物技术等研究领域。在这里，我们分析了Synechocystis 6803初级转录组对不同环境相关刺激的反应。我们建立了与光合生长相关的10种不同条件下活性的转录起始位点的全基因组图谱，并鉴定出4091个转录单位，这些单位提供了有关操纵子、5′和3′非翻译区（utr）的信息。基于一个独特的表达因子，我们在单核苷酸分辨率上描述了规则和相关的启动子序列。最后，我们报道了几种具有有趣表达模式的sRNAs，因此可能具有功能，特定于碳消耗（CsiR1），氮消耗（NsiR4），磷酸盐消耗（PsiR1），铁胁迫（IsaR1）或光合作用（PsrR1）。该数据集附有全面的信息，提供广泛的可视化和数据访问，以便为实验设计，纳入监管系统的建模研究和比较分析提供易于使用的方法。
RNA-seq and especially differential RNA-seq-type transcriptomic analyses (dRNA-seq) are powerful analytical tools, as they not only provide insights into gene expression changes but also provide detailed information about all promoters active at a given moment, effectively giving a deep insight into the transcriptional landscape. Synechocystis sp. PCC 6803 (Synechocystis 6803) is a unicellular model cyanobacterium that is widely used in research fields from ecology, photophysiology to systems biology, modelling and biotechnology. Here, we analysed the response of the Synechocystis 6803 primary transcriptome to different, environmentally relevant stimuli. We established genome-wide maps of the transcriptional start sites active under 10 different conditions relevant for photosynthetic growth and identified 4,091 transcriptional units, which provide information about operons, 5′ and 3′ untranslated regions (UTRs). Based on a unique expression factor, we describe regulons and relevant promoter sequences at single-nucleotide resolution. Finally, we report several sRNAs with an intriguing expression pattern and therefore likely function, specific for carbon depletion (CsiR1), nitrogen depletion (NsiR4), phosphate depletion (PsiR1), iron stress (IsaR1) or photosynthesis (PsrR1). This dataset is accompanied by comprehensive information providing extensive visualization and data access to allow an easy-to-use approach for the design of experiments, the incorporation into modelling studies of the regulatory system and for comparative analyses.
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DOI：
10.1074/jbc.m112.391755
发表时间：
2012-09-28
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Eisenhut M;Georg J;Klähn S;Sakurai I;Mustila H;Zhang P;Hess WR;Aro EM
通讯作者：
Aro EM
DOI：
10.1073/pnas.1015154108
发表时间：
2011-02-01
影响因子：
11.1
作者：
Mitschke, Jan;Georg, Jens;Hess, Wolfgang R.
通讯作者：
Hess, Wolfgang R.
DOI：
10.1073/pnas.1112724108
发表时间：
2011-12-13
影响因子：
11.1
作者：
Mitschke, Jan;Vioque, Agustn;Muro-Pastor, Alicia M.
通讯作者：
Muro-Pastor, Alicia M.
影响因子：
4.3
作者：
Knoop H;Gründel M;Zilliges Y;Lehmann R;Hoffmann S;Lockau W;Steuer R
通讯作者：
Steuer R
影响因子：
6.4
作者：
Krasikov, Vladimir;Aguirre von Wobeser, Eneas;Matthijs, Hans C. P.
通讯作者：
Matthijs, Hans C. P.