Enrichment of Collagen Fragments Using Dimeric Collagen Hybridizing Peptide for Urinary Collagenomics.
Enrichment of Collagen Fragments Using Dimeric Collagen Hybridizing Peptide for Urinary Collagenomics.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.0c00055
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发表时间：
2020-08-07
影响因子：
4.4
通讯作者：
Yu SM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kessler JL;Li Y;Fornetti J;Welm AL;Yu SM
正常和病理条件下的胶原蛋白重塑将大量胶原蛋白片段释放到生物流体中。虽然一些胶原蛋白片段已被测试为疾病指示的生物标志物，但大多数都是微量的，即使用现代分析工具也几乎不可能检测到。在这里，我们报告了一种新的方法来丰富胶原蛋白片段，允许完整的肽组分析的胶原蛋白片段在尿液中。通过二聚胶原杂交肽（CHP）使富集成为可能，所述二聚胶原杂交肽以最小的序列偏差结合源自所有胶原类型的三螺旋区域的胶原片段。富集的小鼠尿液的LC-MS/MS分析显示每个样品平均383个胶原肽片段（相比之下，未富集的样品为34个），其可以映射到SwissProt数据库中的所有类型的小鼠胶原，包括FACIT和MACIT。所选择的一组检测到的片段的分层聚类将骨质减少小鼠与健康小鼠分开。结果证明了二聚CHP从生物流体中富集胶原蛋白片段的能力及其有助于基于肽的疾病检测和生物标志物发现的潜力。[Raw质谱文件已保存到MassIVE存储库（massive.ucsd.edu，MSV 000085372，doi 10.25345/C5 N12 H）]。
Collagen remodeling in normal and pathologic conditions releases numerous collagen fragments into biological fluids. Although a few collagen fragments have been tested as biomarkers for disease indication, most occur at trace levels, making them nearly impossible to detect even with modern analytical tools. Here we report a new way to enrich collagen fragments that allows complete peptidomic analysis of collagen fragments in urine. Enrichment is made possible by dimeric collagen hybridizing peptides (CHPs) that bind collagen fragments originating from the triple helical regions of all collagen types with minimal sequence bias. LC-MS/MS analysis of enriched mouse urine revealed an average of 383 collagenous peptide fragments per sample (compared to 34 for unenriched sample) which could be mapped to all types of mouse collagens in the SwissProt database including FACITs and MACITs. Hierarchical clustering of a selected panel of the detected fragments separated osteopenic mice from healthy mice. The results demonstrate dimeric CHP’s ability to enrich collagen fragments from biological fluid and its potential to aid peptidomics-based disease detection and biomarker discovery. [Raw mass spectrometry files have been deposited to the MassIVE repository (massive.ucsd.edu, MSV000085372, doi 10.25345/C5N12H)].
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