Functional classification of immune regulatory proteins.
Functional classification of immune regulatory proteins.
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DOI：
10.1016/j.str.2013.02.022
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发表时间：
2013-05-07
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Fiser, Andras
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rubinstein, Rotem;Ramagopal, Udupi A.;Nathenson, Stanley G.;Almo, Steven C.;Fiser, Andras
免疫球蛋白超家族（IgSF）的成员控制先天性和适应性免疫，并且是治疗自身免疫性疾病、感染性疾病和恶性肿瘤的主要靶标。我们描述了一种计算方法，称为兄弟算法，它利用中间序列信息分类蛋白质功能相关的家庭。这种方法确定了以前未认识到的IgSF内的功能关系，并预测存在新的受体-配体相互作用。作为一个具体的例子，我们描述了新成员的连接蛋白/连接蛋白样家族的细胞粘附和信号传导蛋白，以及新的受体配体的相互作用在这个家庭。在兄弟会方法的指导下，我们提出了一个以前未描述的嗜同性相互作用的高分辨率结构表征，涉及I类MHC限制性T细胞相关分子（CRTAM）-一个新定义的连接素样家族成员。兄弟算法很可能通过识别那些结构表征将特别有用的蛋白质和复合物而对结构免疫学产生重大影响。
Summary The members of the immunoglobulin superfamily (IgSF) control innate and adaptive immunity, and are prime targets for the treatment of autoimmune diseases, infectious diseases and malignancies. We describe a computational method, termed the Brotherhood Algorithm, which utilizes intermediate sequence information to classify proteins into functionally related families. This approach identifies previously unrecognized functional relationships within the IgSF and predicts the existence of new receptor-ligand interactions. As a specific example, we describe new members of the nectin/nectin-like family of cell adhesion and signaling proteins, as well as new receptor-ligand interactions within this family. Guided by the Brotherhood approach, we present the high resolution structural characterization of a previously undescribed homophilic interaction involving the class-I MHC-restricted T-cell-associated molecule (CRTAM) – a newly defined nectin-like family member. The Brotherhood Algorithm is likely to have significant impact on structural immunology by identifying those proteins and complexes for which structural characterization will be particularly informative.
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DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
3.2
作者：
Marsh, SGE;Parham, P;Wain, H
通讯作者：
Wain, H
影响因子：
4.8
作者：
Fogel, Adam I.;Li, Yue;Biederer, Thomas
通讯作者：
Biederer, Thomas
影响因子：
5.8
作者：
Gerstein, M
通讯作者：
Gerstein, M
影响因子：
4.8
作者：
Dong, XH;Xu, F;Rao, ZH
通讯作者：
Rao, ZH