Computational Approaches to tRNA-Derived Small RNAs.
Computational Approaches to tRNA-Derived Small RNAs.
复制标题
tRNA 衍生小 RNA 的计算方法
DOI：
10.3390/ncrna3010002
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发表时间：
2017-01-04
期刊：
影响因子：
4.3
通讯作者：
Zheng LL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu WL;Yang Y;Wang YD;Qu LH;Zheng LL
tRNA衍生的小RNA（tDRs）是一组来自转移RNA（tRNA）的小的非编码RNA。它们可以分为tRNA半体和tRNA衍生的小RNA片段（tRFs）。越来越多的实验证据表明它们在细胞和各种生物过程中的功能作用。下一代测序（NGS）技术的进步允许产生大量的小RNA深度测序数据。为了从这些数据中研究tDR，已经设计了识别tDR的软件和检索或管理tDR数据的数据库。本文综述了用于TDR鉴定和收集的工具和数据库，旨在帮助研究人员选择最佳分析工具，并启发该领域工具的发明或改进。
tRNA-derived small RNAs (tDRs) are a group of small, non-coding RNAs derived from transfer RNAs (tRNAs). They can be classified as tRNA halves and tRNA-derived small RNA fragments (tRFs). Accumulating experimental evidence suggests their functional roles in cells and in various biological processes. Advances in next-generation sequencing (NGS) techniques allow a large amount of small RNA deep-sequencing data to be generated. To investigate tDRs from these data, software to identify tDRs and databases to retrieve or manage tDR data have been devised. In this review, we summarized the tools and databases for tDR identification and collection, with the aim of helping researchers choose the best tools for their analysis and inspiring the invention or improvement of tools in the field.
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影响因子：
4.2
作者：
Åsman AK;Vetukuri RR;Jahan SN;Fogelqvist J;Corcoran P;Avrova AO;Whisson SC;Dixelius C
通讯作者：
Dixelius C
影响因子：
64.5
作者：
Goodarzi H;Liu X;Nguyen HC;Zhang S;Fish L;Tavazoie SF
通讯作者：
Tavazoie SF
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
3.7
作者：
Casas E;Cai G;Neill JD
通讯作者：
Neill JD
影响因子：
10.5
作者：
Babiarz, Joshua E.;Ruby, J. Graham;Blelloch, Robert
通讯作者：
Blelloch, Robert