A distinct lineage of Caudovirales that encodes a deeply branching multi-subunit RNA polymerase
A distinct lineage of Caudovirales that encodes a deeply branching multi-subunit RNA polymerase
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有尾病毒目的独特谱系，编码深分支多亚基 RNA 聚合酶
DOI：
10.1038/s41467-020-18281-3
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发表时间：
2020
影响因子：
16.6
通讯作者：
Aylward, Frank O.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Weinheimer, Alaina R.;Aylward, Frank O.
噬菌体在生物圈中发挥着关键作用，但其巨大的基因组多样性掩盖了它们的进化起源，而系统发育分析历来因缺乏通用的系统发育标记基因而受到阻碍。在这项研究中，我们挖掘宏基因组数据并鉴定了有尾病毒目的一个进化枝，该进化枝编码多亚基RNA聚合酶（RNAP）的β和β'亚基，RNAP是一种高分辨率的系统发育标记，可以进行详细的进化分析。我们的 RNAP 系统发育表明，有尾病毒目 RNAP 形成了一个与细胞同源物不同的进化枝，表明这种酶是在古代获得的。在这些多聚体 RNAP 编码有尾病毒目 (mReC) 中，我们发现主要衣壳蛋白和终止酶大亚基的相似性进一步表明它们形成了具有共同进化起源的独特进化枝。我们的研究描述了编码 RNAP 的有尾病毒的进化枝，并表明该酶在该组中的古老起源，强调了病毒在地球生命早期进化中的重要作用。
Bacteriophages play critical roles in the biosphere, but their vast genomic diversity has obscured their evolutionary origins, and phylogenetic analyses have traditionally been hindered by their lack of universal phylogenetic marker genes. In this study we mine metagenomic data and identify a clade ofCaudoviralesthat encodes the β and β′ subunits of multi-subunit RNA polymerase (RNAP), a high-resolution phylogenetic marker which enables detailed evolutionary analyses. Our RNAP phylogeny revealed that theCaudoviralesRNAP forms a clade distinct from cellular homologs, suggesting an ancient acquisition of this enzyme. Within these multimeric RNAP-encodingCaudovirales(mReC), we find that the similarity of major capsid proteins and terminase large subunits further suggests they form a distinct clade with common evolutionary origin. Our study characterizes a clade of RNAP-encodingCaudoviralesand suggests the ancient origin of this enzyme in this group, underscoring the important role of viruses in the early evolution of life on Earth.
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影响因子：
2.7
作者：
Borowiec ML
通讯作者：
Borowiec ML
从 DNA 依赖性 RNA 聚合酶序列推断的系统发育树中原生生物谱系的位置
DOI：
10.1016/s0003-9365(11)80317-9
发表时间：
1995
期刊：
Archiv für Protistenkunde
影响因子：
--
作者：
H. Klenk;Wolfram Zilllg;M. Lanzendörfer;B. Grampp;P. Palm
通讯作者：
P. Palm
影响因子：
10.7
作者：
Hoang DT;Chernomor O;von Haeseler A;Minh BQ;Vinh LS
通讯作者：
Vinh LS
DNA依赖性RNA聚合酶作为系统发育标记分子
影响因子：
3.4
作者：
H. Klenk;P. Palm;W. Zillig
通讯作者：
W. Zillig
影响因子：
4.2
作者：
Roux, Simon;Enault, Francois;Debroas, Didier
通讯作者：
Debroas, Didier