Development of a multiplex probe combination-based one-step real-time reverse transcription-PCR for NA subtype typing of avian influenza virus.
Development of a multiplex probe combination-based one-step real-time reverse transcription-PCR for NA subtype typing of avian influenza virus.
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开发一种基于多重探针组合的一步实时逆转录PCR用于禽流感病毒NA亚型分型
DOI：
10.1038/s41598-017-13768-4
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发表时间：
2017-10-18
影响因子：
4.6
通讯作者：
Liu X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun Z;Qin T;Meng F;Chen S;Peng D;Liu X
在家禽和野鸟中发现了九种流感病毒神经氨酸酶 (NA) 亚型。很少有方法可用于快速、简单的 NA 亚型分型。在这里，我们开发了一种基于多重探针组合的一步式实时逆转录酶PCR（rRT-PCR）来检测九种禽流感病毒NA亚型。根据探针的不同荧光染料（FAM、HEX 或德克萨斯红）将九个引物-探针对分配到三组。每个探针仅检测一种 NA 亚型，没有交叉反应性。每个反应的检测限低于 100 EID50 或 100 个 cDNA 拷贝。使用这种方法从活禽市场和感染 H9N2 的鸡中分离的尿囊液样本获得的数据与使用病毒分离和测序获得的数据相关性很好，但更敏感。这种新方法为传统的 NA 分型方法提供了一种特异且灵敏的替代方法。
Nine influenza virus neuraminidase (NA) subtypes have been identified in poultry and wild birds. Few methods are available for rapid and simple NA subtyping. Here we developed a multiplex probe combination-based one-step real-time reverse transcriptase PCR (rRT-PCR) to detect nine avian influenza virus NA subtypes. Nine primer-probe pairs were assigned to three groups based on the different fluorescent dyes of the probes (FAM, HEX, or Texas Red). Each probe detected only one NA subtype, without cross reactivity. The detection limit was less than 100 EID50 or 100 copies of cDNA per reaction. Data obtained using this method with allantoic fluid samples isolated from live bird markets and H9N2-infected chickens correlated well with data obtained using virus isolation and sequencing, but was more sensitive. This new method provides a specific and sensitive alternative to conventional NA-subtyping methods.
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