Metabolic model integration of the bibliome, genome, metabolome and reactome of Aspergillus niger.
Metabolic model integration of the bibliome, genome, metabolome and reactome of Aspergillus niger.
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DOI：
10.1038/msb.2008.12
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发表时间：
2008
影响因子：
9.9
通讯作者：
Nielsen, Jens
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andersen, Mikael Rordam;Nielsen, Michael Lynge;Nielsen, Jens
两株尼日尔曲霉的基因组序列的发布，使这个重要的微生物细胞工厂的系统水平的调查。为此，用于进行多组数据的数据集成的工具是必要的，并且在新陈代谢的背景下特别有趣。在A.尼日尔bibliome调查，我们提出了最大的模型重建的代谢网络报道的真菌物种。基于371篇文献的报道，重建了无间隙代谢网络，包括1190个生化独特反应和871个ORF。包含同工酶使反应总数增加到2240。代谢网络的图形地图。所有级别的重建过程都是基于人工管理。从重建的代谢网络中，构建了一个数学模型，并与产量，通量和转录数据进行了验证。所提出的代谢网络和地图是在代谢背景下检查系统范围数据的有用工具。从验证模型的结果显示了巨大的潜力，扩大使用A。尼日尔作为高产生产平台。
The release of the genome sequences of two strains of Aspergillus niger has allowed systems-level investigations of this important microbial cell factory. To this end, tools for doing data integration of multi-ome data are necessary, and especially interesting in the context of metabolism. On the basis of an A. niger bibliome survey, we present the largest model reconstruction of a metabolic network reported for a fungal species. The reconstructed gapless metabolic network is based on the reportings of 371 articles and comprises 1190 biochemically unique reactions and 871 ORFs. Inclusion of isoenzymes increases the total number of reactions to 2240. A graphical map of the metabolic network is presented. All levels of the reconstruction process were based on manual curation. From the reconstructed metabolic network, a mathematical model was constructed and validated with data on yields, fluxes and transcription. The presented metabolic network and map are useful tools for examining systemwide data in a metabolic context. Results from the validated model show a great potential for expanding the use of A. niger as a high-yield production platform.
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DOI：
10.1046/j.1432-1033.2003.03798.x
发表时间：
2003-11-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
David, H;Åkesson, M;Nielsen, J
通讯作者：
Nielsen, J
DOI：
10.1111/1741-5705.00031
发表时间：
1975-01-01
期刊：
APPLIED MICROBIOLOGY
影响因子：
--
作者：
CHRISTIAS, C;COUVARAKI, C;VOMVOYANNI, V
通讯作者：
VOMVOYANNI, V
影响因子：
2.8
作者：
Kirimura, Kohtaro;Ogawa, Satoshi;Kino, Kuniki
通讯作者：
Kino, Kuniki
影响因子：
7
作者：
Förster, J;Famili, I;Nielsen, J
通讯作者：
Nielsen, J
DOI：
10.1073/pnas.0610772104
发表时间：
2007-02-06
影响因子：
11.1
作者：
Duarte, Natalie C.;Becker, Scott A.;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.