Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas.
Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas.
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DOI：
10.1038/s41467-021-21704-4
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发表时间：
2021-03-05
影响因子：
16.6
通讯作者：
Mu X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu F;Bard JE;Kann J;Yergeau D;Sapkota D;Ge Y;Hu Z;Wang J;Liu T;Mu X
Atoh7被认为是建立视网膜神经节细胞（RGC）谱系所必需的，Pou4f2和Isl 1已知调节RGC特化和分化。在这里，我们报告我们进一步研究这些转录因子的作用。使用批量RNA-seq，我们确定了由三种转录因子调控的基因，这扩大了我们对下游事件范围的理解。在野生型和突变型视网膜细胞上使用scRNA-seq，我们揭示了视网膜祖细胞（RPC）的过渡细胞状态，其由Atoh7和不同谱系的其他基因共同标记，并由所有早期视网膜谱系共享。我们进一步发现了在Atoh7缺失的情况下RGC谱系的意外出现。我们的结论是，不同的视网膜命运的RPC的能力是由谱系特异性基因共表达的过渡状态和Atoh7定义的RGC的能力，并与其他因素合作，以牧羊人过渡RPC的RGC谱系。Atoh7是视网膜神经节细胞（RGC）发生所必需的。在这里，作者对胚胎小鼠视网膜进行了scRNAseq，并得出结论，Atoh7定义了一种过渡状态，其他因素也参与了RGC谱系的建立。
Atoh7 has been believed to be essential for establishing the retinal ganglion cell (RGC) lineage, and Pou4f2 and Isl1 are known to regulate RGC specification and differentiation. Here we report our further study of the roles of these transcription factors. Using bulk RNA-seq, we identify genes regulated by the three transcription factors, which expand our understanding of the scope of downstream events. Using scRNA-seq on wild-type and mutant retinal cells, we reveal a transitional cell state of retinal progenitor cells (RPCs) co-marked by Atoh7 and other genes for different lineages and shared by all early retinal lineages. We further discover the unexpected emergence of the RGC lineage in the absence of Atoh7. We conclude that competence of RPCs for different retinal fates is defined by lineage-specific genes co-expressed in the transitional state and that Atoh7 defines the RGC competence and collaborates with other factors to shepherd transitional RPCs to the RGC lineage. Atoh7 is essential for retinal ganglion cell (RGC) genesis. Here the authors perform scRNAseq on embryonic mouse retina and conclude that Atoh7 defines a transitional state and that other factors also participate in establishing the RGC lineage.
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