Transmission cluster characteristics of global, regional, and lineage-specific SARS-CoV-2 phylogenies
Transmission cluster characteristics of global, regional, and lineage-specific SARS-CoV-2 phylogenies
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全球、区域和谱系特异性 SARS-CoV-2 系统发育的传播集群特征
DOI：
10.1109/bibm55620.2022.9995364
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Salemi, Marco
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Prosperi, Mattia;Rife, Brittany;Marini, Simone;Salemi, Marco
SARS-CoV-2大流行呈现周期性波动和多种变异，其中一些随着时间的推移而占主导地位，传播性增加。SARS-CoV-2仍在人群中适应，因此提前了解其进化模式和动态至关重要。在这项工作中，我们分析了传播集群和拓扑结构的SARSCoV-2病毒在全球，区域（北美）和分支特异性（三角洲和Omicron）的流行规模。我们使用了Nextstrain的nCov开放全球所有时间同源性（2022年9月，2，698株，北美2，243株，Delta 21 A 499株，Omicron 20 M 543株），以及Nextstrain的进化枝注释和Pango谱系。传播集群确定使用Phylopart，EQUIPITE，并计算了几个树的不平衡措施，包括阶梯，Sackin和Colless指数。我们发现，全球流行病的系统发育聚类概况在3%的距离阈值处具有最高的多样性（发散度为10，其中树采样中位数为49）。Phyloparts和Alxite集群中度到高度同意Pango命名法和Nextstrain的进化枝。在区域和分支特定的尺度上，传输聚类配置文件趋于平坦，并发现在0.05%和25%之间的距离阈值相似的集群。所有被认为是hepatogenies表现出高树不平衡相对于预期的随机hepatogenies，表明短的感染时间和抗原漂移，可能是由于从先天性到适应性免疫的人口逐步过渡。
The SARS-CoV-2 pandemic has been presenting in periodic waves and multiple variants, of which some dominated over time with increased transmissibility. SARS-CoV-2 is still adapting in the human population, thus it is crucial to understand its evolutionary patterns and dynamics ahead of time. In this work, we analyzed transmission clusters and topology of SARSCoV-2 phylogenies at the global, regional (North America) and clade-specific (Delta and Omicron) epidemic scales. We used the Nextstrain’s nCov open global all-time phylogeny (September 2022, 2,698 strains, 2,243 for North America, 499 for Delta21A, and 543 for Omicron20M), with Nextstrain’s clade annotation and Pango lineages. Transmission clusters were identified using Phylopart, DYNAMITE, and several tree imbalance measures were calculated, including staircase-ness, Sackin and Colless index. We found that the phylogenetic clustering profiles of the global epidemic have highest diversification at a distance threshold of 3% (divergence of 10, where the tree sampled median is 49). Phylopart and DYNAMITE clusters moderately-to-highly agree with the Pango nomenclature and the Nextstrain’s clade. At the regional and clade-specific scale, transmission clustering profiles tend to flatten and similar clusters are found at distance thresholds between 0.05% and 25%. All the considered phylogenies exhibit high tree imbalance with respect to what expected in random phylogenies, suggesting short infection times and antigenic drift, perhaps due to progressive transition from innate to adaptive immunity in the population.
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DOI：
10.3390/v14050884
发表时间：
2022-04-24
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
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DOI：
10.1038/s41576-022-00483-8
发表时间：
2022-09
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.2807/1560-7917.es.2021.26.24.2100509
发表时间：
2021-06
期刊：
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--
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通讯作者：
le Polain de Waroux O
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10.7
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通讯作者：
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DOI：
--
发表时间：
2021
期刊：
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--
作者：
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通讯作者：
M. Prosperi