Phylogenetic and phylodynamic approaches to understanding and combating the early SARS-CoV-2 pandemic.
Phylogenetic and phylodynamic approaches to understanding and combating the early SARS-CoV-2 pandemic.
复制标题
DOI：
10.1038/s41576-022-00483-8
复制
发表时间：
2022-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
确定严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 感染的传播性、流行率和传播模式对于我们了解大流行的影响和设计有效的控制策略至关重要。系统发育（进化树）为了解 SARS-CoV-2 的国际传播提供了重要见解，并能够对特定环境下的个体疫情和传播链进行调查。系统动力学方法结合了进化、人口统计和流行病学概念，有助于追踪病毒遗传变化、识别新出现的变异并为公共卫生策略提供信息。在这里，我们回顾并综合了一些研究，这些研究说明了系统发生和系统动力学技术在大流行第一年的应用，并总结了它们对我们理解 SARS-CoV-2 传播和控制的贡献。在这篇综述中，作者描述了系统发生和系统动力学方法如何深入了解病毒进化，重点关注 SARS-CoV-2 大流行。这些方法揭示了传播事件的路线和时间，并且可以评估旨在控制病毒的各种干预措施的有效性。
Determining the transmissibility, prevalence and patterns of movement of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infections is central to our understanding of the impact of the pandemic and to the design of effective control strategies. Phylogenies (evolutionary trees) have provided key insights into the international spread of SARS-CoV-2 and enabled investigation of individual outbreaks and transmission chains in specific settings. Phylodynamic approaches combine evolutionary, demographic and epidemiological concepts and have helped track virus genetic changes, identify emerging variants and inform public health strategy. Here, we review and synthesize studies that illustrate how phylogenetic and phylodynamic techniques were applied during the first year of the pandemic, and summarize their contributions to our understanding of SARS-CoV-2 transmission and control. In this Review, the authors describe how phylogenetic and phylodynamic methods provide insight into viral evolution, focusing on the SARS-CoV-2 pandemic. The approaches reveal routes and timings of transmission events, and they can assess the effectiveness of various intervention measures aimed at controlling the virus.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.3
作者：
Arias A;Watson SJ;Asogun D;Tobin EA;Lu J;Phan MVT;Jah U;Wadoum REG;Meredith L;Thorne L;Caddy S;Tarawalie A;Langat P;Dudas G;Faria NR;Dellicour S;Kamara A;Kargbo B;Kamara BO;Gevao S;Cooper D;Newport M;Horby P;Dunning J;Sahr F;Brooks T;Simpson AJH;Groppelli E;Liu G;Mulakken N;Rhodes K;Akpablie J;Yoti Z;Lamunu M;Vitto E;Otim P;Owilli C;Boateng I;Okoror L;Omomoh E;Oyakhilome J;Omiunu R;Yemisis I;Adomeh D;Ehikhiametalor S;Akhilomen P;Aire C;Kurth A;Cook N;Baumann J;Gabriel M;Wölfel R;Di Caro A;Carroll MW;Günther S;Redd J;Naidoo D;Pybus OG;Rambaut A;Kellam P;Goodfellow I;Cotten M
通讯作者：
Cotten M
影响因子：
11.8
作者：
Douglas J;Geoghegan JL;Hadfield J;Bouckaert R;Storey M;Ren X;de Ligt J;French N;Welch D
通讯作者：
Welch D
SARS-COV-2血统的估计可传播和影响B.1.1.7在英国。
DOI：
10.1126/science.abg3055
发表时间：
2021-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Davies NG;Abbott S;Barnard RC;Jarvis CI;Kucharski AJ;Munday JD;Pearson CAB;Russell TW;Tully DC;Washburne AD;Wenseleers T;Gimma A;Waites W;Wong KLM;van Zandvoort K;Silverman JD;CMMID COVID-19 Working Group;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Diaz-Ordaz K;Keogh R;Eggo RM;Funk S;Jit M;Atkins KE;Edmunds WJ
通讯作者：
Edmunds WJ
影响因子：
56.9
作者：
Deng, Xianding;Gu, Wei;Chiu, Charles Y.
通讯作者：
Chiu, Charles Y.
影响因子：
56.3
作者：
Boehmer, Merle M.;Buchholz, Udo;Zapf, Andreas
通讯作者：
Zapf, Andreas