CpG islands: algorithms and applications in methylation studies.
CpG islands: algorithms and applications in methylation studies.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2009.03.076
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发表时间：
2009-05-15
影响因子：
3.1
通讯作者：
Han, Leng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhao, Zhongming;Han, Leng
在脊椎动物基因组中，甲基化常发生在CpG二核苷酸的5′-胞嘧啶位置，而在基因启动子区域的CpG岛或CpG簇中很少观察到这种表观遗传特征。启动子相关CGIs的异常甲基化可能影响基因表达并导致癌变。由于功能的重要性，多种算法可用于鉴定基因组或序列中的CGI。它们可以被分类为传统算法（例如，Gardiner-Garden和Frommer（1987）、Takai和Jones（2002）和CpGPRoD（2002））或基于统计特性的算法（CpGcluster（2006）和CG cluster（2007））。我们回顾了这些算法的特点，并评估了它们在使用全基因组甲基化数据识别功能CGIs方面的性能。此外，CGIs的鉴定是最近许多用于预测甲基化状态的研究以及甲基化检测平台设计的初始步骤。我们回顾了这些研究中使用的基准和功能。
Methylation occurs frequently at 5′-cytosine of the CpG dinucleotides in vertebrate genomes; however, this epigenetic feature is rarely observed in CpG islands (CGIs) or CpG clusters in the promoter regions of genes. Aberrant methylation of the promoter-associated CGIs might influence gene expression and cause carcinogenesis. Because of the functional importance, multiple algorithms have been available for identifying CGIs in a genome or a sequence. They can be categorized into the traditional algorithms (e.g., Gardiner-Garden and Frommer (1987), Takai and Jones (2002), and CpGPRoD (2002)) or statistical property based algorithms (CpGcluster (2006) and CG cluster (2007)). We reviewed the features of these algorithms and evaluated their performance on identifying functional CGIs using genome-wide methylation data. Moreover, identification of CGIs is an initial step in many recent studies for predicting methylation status as well as in the design of methylation detection platforms. We reviewed the benchmarks and features used in these studies.
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CpG岛密度及其与哺乳动物基因组中基因组特征的相关性。
影响因子：
12.3
作者：
Han L;Su B;Li WH;Zhao Z
通讯作者：
Zhao Z
DOI：
10.1073/pnas.0607521104
发表时间：
2007-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Oakes, C. C.;La Salle, S.;Trasler, J. M.
通讯作者：
Trasler, J. M.
影响因子：
5.8
作者：
Ponger, L;Mouchiroud, D
通讯作者：
Mouchiroud, D
影响因子：
7
作者：
Khulan, Batbayar;Thompson, Reid F.;Greally, John M.
通讯作者：
Greally, John M.
影响因子：
14.9
作者：
Bock C;Walter J;Paulsen M;Lengauer T
通讯作者：
Lengauer T