Trypsin Revisited
Trypsin Revisited
复制标题
重温胰蛋白酶
DOI：
--
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发表时间：
2003
影响因子：
4.8
通讯作者：
V. Lamzin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
A. Schmidt;C. Jelsch;P. Østergaard;W. Rypniewski;V. Lamzin
在原子和超高分辨率下测定了胰蛋白酶的一系列晶体结构，包括自蛋白水解裂解肽片段或共价结合抑制剂，并进行了从头算量子化学计算和多极精化。量子化学计算再现了与标准立体化学有严重偏差的活性位点晶体结构，并指出了催化残基的质子化状态。多极精化直接揭示了活性部位的电荷分布，证明了从头计算的有效性。综合结果证实了活性位点残基和两个水分子作为亲核试剂和质子供体的催化作用。晶体结构代表了反应途径的快照，接近于四面体中间体。然后胰蛋白酶的去酰化以真正的SN2方式发生。
A series of crystal structures of trypsin, containing either an autoproteolytic cleaved peptide fragment or a covalently bound inhibitor, were determined at atomic and ultra-high resolution and subjected to ab initio quantum chemical calculations and multipole refinement. Quantum chemical calculations reproduced the observed active site crystal structure with severe deviations from standard stereochemistry and indicated the protonation state of the catalytic residues. Multipole refinement directly revealed the charge distribution in the active site and proved the validity of the ab initio calculations. The combined results confirmed the catalytic function of the active site residues and the two water molecules acting as the nucleophile and the proton donor. The crystal structures represent snapshots from the reaction pathway, close to a tetrahedral intermediate. The de-acylation of trypsin then occurs in true SN2 fashion.
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影响因子：
56.9
作者：
FREY, PA;WHITT, SA;TOBIN, JB
通讯作者：
TOBIN, JB
DOI：
10.1073/pnas.95.22.12799
发表时间：
1998-10
影响因子：
11.1
作者：
B. Schiøtt;B. Iversen;G. Madsen;F. Larsen;T. C. Bruice
通讯作者：
B. Schiøtt;B. Iversen;G. Madsen;F. Larsen;T. C. Bruice
影响因子：
2.9
作者：
Lin, J;Cassidy, CS;Frey, PA
通讯作者：
Frey, PA
影响因子：
56.9
作者：
PERONA, JJ;CRAIK, CS;FLETTERICK, RJ
通讯作者：
FLETTERICK, RJ
DOI：
10.1006/meth.1997.0484
发表时间：
1997-08-01
期刊：
METHODS-A COMPANION TO METHODS IN ENZYMOLOGY
影响因子：
--
作者：
Chow, SA
通讯作者：
Chow, SA