PRIMO/PRIMONA: a coarse-grained model for proteins and nucleic acids that preserves near-atomistic accuracy.
PRIMO/PRIMONA: a coarse-grained model for proteins and nucleic acids that preserves near-atomistic accuracy.
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DOI：
10.1002/prot.22645
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发表时间：
2010-04
影响因子：
2.9
通讯作者：
Feig, Michael
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gopal, Srinivasa M.;Mukherjee, Shayantani;Cheng, Yi-Ming;Feig, Michael
提出了蛋白质和核酸的新粗粒模型PRIMO/PRIMONA。该模型将一个到几个重原子组合到粗粒度的位置，选择这些位置可以基于分子键的几何约束对全原子模型进行分析性的高分辨率重建。在多种蛋白质和核酸检测集上，测试了所提出的重构方法在结构和能量学方面的准确性，并与其他流行的重构方法进行了比较。
The new coarse graining model PRIMO/PRIMONA for proteins and nucleic acids is proposed. This model combines one to several heavy atoms into coarse-grained sites that are chosen to allow an analytical, high-resolution reconstruction of all-atom models based on molecular bonding geometry constraints. The accuracy of proposed reconstruction method in terms of structure and energetics is tested and compared with other popular reconstruction methods for a variety of protein and nucleic acid test sets.
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影响因子：
2.9
作者：
Krivov, Georgii G.;Shapovalov, Maxim V.;Dunbrack, Roland L., Jr.
通讯作者：
Dunbrack, Roland L., Jr.
影响因子：
4.4
作者：
Lee, MS;Salsbury, FR;Brooks, CL
通讯作者：
Brooks, CL
影响因子：
4.5
作者：
Ding, Feng;Sharma, Shantanu;Dokholyan, Nikolay V.
通讯作者：
Dokholyan, Nikolay V.
影响因子：
56.9
作者：
Duan, Y;Kollman, PA
通讯作者：
Kollman, PA
影响因子：
64.8
作者：
LEVITT, M;WARSHEL, A
通讯作者：
WARSHEL, A