BASys: a web server for automated bacterial genome annotation.
BASys: a web server for automated bacterial genome annotation.
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DOI：
10.1093/nar/gki593
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wishart DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Van Domselaar GH;Stothard P;Shrivastava S;Cruz JA;Guo A;Dong X;Lu P;Szafron D;Greiner R;Wishart DS
BASys（细菌注释系统）是一个网络服务器，支持对细菌基因组（染色体和质粒）序列进行自动、深入的注释。它接受原始 DNA 序列数据和可选的基因识别信息列表，并提供广泛的文本注释和超链接图像输出。 BASys 使用超过 30 个程序来确定每个基因的约 60 个注释子字段，包括基因/蛋白质名称、GO 功能、COG 功能、可能的旁系同源物和直向同源物、分子量、等电点、操纵子结构、亚细胞定位、信号肽、跨膜区、二级结构、3D 结构、反应和途径。 BASys 注释的深度和细节与标准 SwissProt 条目中的深度和细节相匹配或超过。 BASys 还生成每个查询染色体的彩色、可点击和完全可缩放的图，以允许对所有结果基因注释进行快速导航和详细的可视化分析。 BASys 提供的文本注释和图像可以在约 24 小时内生成平均细菌染色体 (5 Mb)。 BASys 注释可以匿名或通过密码保护的访问系统查看和下载。 BASys 服务器和数据库也可以在本地下载和运行。 BASys 可通过以下网址访问。
BASys (Bacterial Annotation System) is a web server that supports automated, in-depth annotation of bacterial genomic (chromosomal and plasmid) sequences. It accepts raw DNA sequence data and an optional list of gene identification information and provides extensive textual annotation and hyperlinked image output. BASys uses >30 programs to determine ∼60 annotation subfields for each gene, including gene/protein name, GO function, COG function, possible paralogues and orthologues, molecular weight, isoelectric point, operon structure, subcellular localization, signal peptides, transmembrane regions, secondary structure, 3D structure, reactions and pathways. The depth and detail of a BASys annotation matches or exceeds that found in a standard SwissProt entry. BASys also generates colorful, clickable and fully zoomable maps of each query chromosome to permit rapid navigation and detailed visual analysis of all resulting gene annotations. The textual annotations and images that are provided by BASys can be generated in ∼24 h for an average bacterial chromosome (5 Mb). BASys annotations may be viewed and downloaded anonymously or through a password protected access system. The BASys server and databases can also be downloaded and run locally. BASys is accessible at .
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