The SARS-CoV-2 SSHHPS Recognized by the Papain-like Protease.
The SARS-CoV-2 SSHHPS Recognized by the Papain-like Protease.
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DOI：
10.1021/acsinfecdis.0c00866
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发表时间：
2021-06-11
影响因子：
5.3
通讯作者：
Legler PM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reynolds ND;Aceves NM;Liu JL;Compton JR;Leary DH;Freitas BT;Pegan SD;Doctor KZ;Wu FY;Hu X;Legler PM
病毒蛋白酶是高度特异性的，并且识别106 -8个氨基酸的保守切割位点序列。可以发现跨越病毒蛋白酶切割位点的同源宿主-病原体序列（SSHHPS）的短延伸。我们假设这些序列对应于特定的宿主蛋白质靶标，因为已经显示>40种宿主蛋白质被IV组病毒蛋白酶和一种VI组病毒蛋白酶切割。利用PHI-BLAST和病毒蛋白酶切割位点序列，我们在人类蛋白质组中搜索宿主靶标并分析命中结果。虽然与先天免疫应答的抑制相关的多聚蛋白和宿主蛋白可能是这些病毒蛋白酶的主要靶标，但我们鉴定了其他可裂解的宿主蛋白。这些蛋白质似乎与IV组病毒相关的病毒诱导表型有关，这表明有关病毒发病机制的信息可以直接从病毒基因组序列中提取。在这里，我们确定了由SARS-CoV-2木瓜蛋白酶样蛋白酶（PLpro）在体外切割的序列，包括人MYH 7和MYH 6（与几种心肌病相关的两种心肌肌球蛋白）、FOXP 3（X连锁Treg细胞转录因子）、ErbB 4（HER 4）和维生素K依赖性血浆蛋白S（PROS 1），PROS 1是一种防止血液凝块的抗凝蛋白。锌在体外抑制这些宿主序列的切割。其他模式出现从多物种序列比对的切割位点，这可能有影响的动物模型和人畜共患病的选择。SSHHPS/nsP是序列特异性翻译后沉默机制的一个例子。
Viral proteases are highly specific and recognize conserved cleavage site sequences of ∼6–8 amino acids. Short stretches of homologous host–pathogen sequences (SSHHPS) can be found spanning the viral protease cleavage sites. We hypothesized that these sequences corresponded to specific host protein targets since >40 host proteins have been shown to be cleaved by Group IV viral proteases and one Group VI viral protease. Using PHI-BLAST and the viral protease cleavage site sequences, we searched the human proteome for host targets and analyzed the hit results. Although the polyprotein and host proteins related to the suppression of the innate immune responses may be the primary targets of these viral proteases, we identified other cleavable host proteins. These proteins appear to be related to the virus-induced phenotype associated with Group IV viruses, suggesting that information about viral pathogenesis may be extractable directly from the viral genome sequence. Here we identify sequences cleaved by the SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) in vitro within human MYH7 and MYH6 (two cardiac myosins linked to several cardiomyopathies), FOXP3 (an X-linked Treg cell transcription factor), ErbB4 (HER4), and vitamin-K-dependent plasma protein S (PROS1), an anticoagulation protein that prevents blood clots. Zinc inhibited the cleavage of these host sequences in vitro. Other patterns emerged from multispecies sequence alignments of the cleavage sites, which may have implications for the selection of animal models and zoonosis. SSHHPS/nsP is an example of a sequence-specific post-translational silencing mechanism.
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影响因子：
16
作者：
Békés M;van der Heden van Noort GJ;Ekkebus R;Ovaa H;Huang TT;Lima CD
通讯作者：
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作者：
Florian, C.;Bahi-Buisson, N.;Bienvenu, T.
通讯作者：
Bienvenu, T.
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作者：
Báez-Santos YM;St John SE;Mesecar AD
通讯作者：
Mesecar AD
中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-COV）类似蛋白酶的蛋白酶与泛素结合的晶体结构有助于靶向破坏去泛素化活性的破坏，以证明其在先天免疫抑制中的作用。
DOI：
10.1074/jbc.m114.609644
发表时间：
2014-12-12
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Bailey-Elkin BA;Knaap RC;Johnson GG;Dalebout TJ;Ninaber DK;van Kasteren PB;Bredenbeek PJ;Snijder EJ;Kikkert M;Mark BL
通讯作者：
Mark BL
影响因子：
14.9
作者：
Bult CJ;Blake JA;Smith CL;Kadin JA;Richardson JE;Mouse Genome Database Group
通讯作者：
Mouse Genome Database Group