Minimal absent words in prokaryotic and eukaryotic genomes.
Minimal absent words in prokaryotic and eukaryotic genomes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0016065
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发表时间：
2011-01-31
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ferreira PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Garcia SP;Pinho AJ;Rodrigues JM;Bastos CA;Ferreira PJ
在所有生命领域的生物体基因组中，已经计算出最小的缺失词。在这里，我们探索了22种生物（1种古细菌，13种细菌和8种真核生物）基因组中不同的最小缺失词集。我们研究了可能解释脊椎动物中最短缺失词缺陷的突变偏差是否也普遍存在于其他缺失词中，即最小缺失词，以及其他生物体。我们发现，在不同的最小缺失词集中，脊椎动物对最短缺失词的组合偏差是不一致的。从不同最小缺失词组的二核苷酸相对丰度相似性进一步探讨了最小缺失词通过共同祖先遗传的假设，发现这种遗传可能是脊椎动物所独有的。
Minimal absent words have been computed in genomes of organisms from all domains of life. Here, we explore different sets of minimal absent words in the genomes of 22 organisms (one archaeota, thirteen bacteria and eight eukaryotes). We investigate if the mutational biases that may explain the deficit of the shortest absent words in vertebrates are also pervasive in other absent words, namely in minimal absent words, as well as to other organisms. We find that the compositional biases observed for the shortest absent words in vertebrates are not uniform throughout different sets of minimal absent words. We further investigate the hypothesis of the inheritance of minimal absent words through common ancestry from the similarity in dinucleotide relative abundances of different sets of minimal absent words, and find that this inheritance may be exclusive to vertebrates.
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DOI：
10.1080/07391102.1986.10507643
发表时间：
1986-08-01
影响因子：
4.4
作者：
BRENDEL, V;BECKMANN, JS;TRIFONOV, EN
通讯作者：
TRIFONOV, EN
DOI：
10.1080/07391102.1990.10508563
发表时间：
1990-06-01
影响因子：
4.4
作者：
PIETROKOVSKI, S;HIRSHON, J;TRIFONOV, EN
通讯作者：
TRIFONOV, EN
影响因子：
3
作者：
Pinho AJ;Ferreira PJ;Garcia SP;Rodrigues JM
通讯作者：
Rodrigues JM
影响因子：
4
作者：
Simillion, C;Vandepoele, K;Van de Peer, Y
通讯作者：
Van de Peer, Y
影响因子：
1.7
作者：
Ulitsky, I;Burstein, D;Chor, B
通讯作者：
Chor, B