Myriad Triple-Helix-Forming Structures in the Transposable Element RNAs of Plants and Fungi.
Myriad Triple-Helix-Forming Structures in the Transposable Element RNAs of Plants and Fungi.
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植物和真菌转座元件 RNA 中的无数三螺旋形成结构。
DOI：
10.1016/j.celrep.2016.04.010
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Steitz,JoanA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tycowski,KazimierzT;Shu,Mei-Di;Steitz,JoanA
ENE（element for nuclear expression，核表达元件）是一种酸作用RNA结构，通过与poly（A）尾或3′-末端富含A的序列形成三螺旋，保护病毒或细胞非编码RNA（ncRNA）免受核衰变。我们扩大了9个已知的ENE的名册，通过生物信息学鉴定的10200个不同的ENE，存在于许多非后生动物和一种鱼类的转座因子（TE）和4个双链病毒基因组。尽管ENE核心内的变化，没有预测的三重螺旋堆叠超过五个碱基三重。报告转录本在人细胞中的积累增加证明了代表性ENE的功能。靠近poly（A）尾的位置表明ENE在TE转录物中是活跃的。它们存在于无内含子但不含内含子的hAT转座酶基因中，这支持了TE获得ENE以抵消内含子丢失的RNA不稳定效应的观点，内含子丢失是TE水平转移在生物体中将RNA沉默与剪接缺陷偶联的潜在进化结果。
The ENE (element for nuclear expression) is acis-acting RNA structure that protects viral or cellular noncoding RNAs (ncRNAs) from nuclear decay through triple-helix formation with the poly(A) tail or 3′-terminal A-rich tract. We expanded the roster of nine known ENEs by bioinformatic identification of ∼200 distinct ENEs that reside in transposable elements (TEs) of numerous non-metazoan and one fish species and in four Dicistrovirus genomes. Despite variation within the ENE core, none of the predicted triple-helical stacks exceeds five base triples. Increased accumulation of reporter transcripts in human cells demonstrated functionality for representative ENEs. Location close to the poly(A) tail argues that ENEs are active in TE transcripts. Their presence in intronless, but not intron-containing, hAT transposase genes supports the idea that TEs acquired ENEs to counteract the RNA-destabilizing effects of intron loss, a potential evolutionary consequence of TE horizontal transfer in organisms that couple RNA silencing to splicing deficits.
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影响因子：
4.9
作者：
Bao W;Kojima KK;Kohany O
通讯作者：
Kohany O
DOI：
10.1007/bf00283420
发表时间：
1994-03-01
期刊：
MOLECULAR & GENERAL GENETICS
影响因子：
--
作者：
CAMBARERI, EB;HELBER, J;KINSEY, JA
通讯作者：
KINSEY, JA
影响因子：
7
作者：
Gojobori, Takashi
通讯作者：
Gojobori, Takashi
影响因子：
8.8
作者：
Tycowski KT;Shu MD;Borah S;Shi M;Steitz JA
通讯作者：
Steitz JA
影响因子：
16.8
作者：
Schaack S;Gilbert C;Feschotte C
通讯作者：
Feschotte C