COMRADES determines in vivo RNA structures and interactions.
COMRADES determines in vivo RNA structures and interactions.
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DOI：
10.1038/s41592-018-0121-0
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发表时间：
2018-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Miska EA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ziv O;Gabryelska MM;Lun ATL;Gebert LFR;Sheu-Gruttadauria J;Meredith LW;Liu ZY;Kwok CK;Qin CF;MacRae IJ;Goodfellow I;Marioni JC;Kudla G;Miska EA
RNA结构灵活性是基本生物学过程的基础，但目前还没有方法来探索RNA在体内采用的多种构象。我们开发了用于深入RNA构象捕获的匹配RNA交联和深度测序（COMRADES），以及用于检索RNA结构集合的管道。使用COMRADES，我们确定了细胞内寨卡病毒RNA基因组的结构，并揭示了与人类非编码RNA的多个位点特异性相互作用。
RNA structural flexibility underlies fundamental biological processes, but there are no methods to explore the multiple conformations adopted by RNAs in vivo. We developed Crosslinking Of Matched RNAs And Deep Sequencing (COMRADES) for in-depth RNA conformation capture, and a pipeline for retrieval of RNA structural ensembles. Using COMRADES, we determined the architecture of the Zika virus RNA genome inside cells, and revealed multiple site-specific interactions with human non-coding RNAs.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Lun, Aaron T. L.;Smyth, Gordon K.
通讯作者：
Smyth, Gordon K.
DOI：
10.1214/16-aoas920
发表时间：
2016-06
期刊：
The annals of applied statistics
影响因子：
--
作者：
Phipson B;Lee S;Majewski IJ;Alexander WS;Smyth GK
通讯作者：
Smyth GK
影响因子：
64.5
作者：
Helwak A;Kudla G;Dudnakova T;Tollervey D
通讯作者：
Tollervey D