Analysis and characterization of the Salix suchowensis chloroplast genome
Analysis and characterization of the Salix suchowensis chloroplast genome
复制标题
Salix Suchowensis 叶绿体基因组的分析和表征
DOI：
10.1007/s11676-017-0531-3
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发表时间：
2018-07
影响因子：
3
通讯作者：
陈赢男
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
孙聪睿;李洁;戴晓港;陈赢男
通过筛选下一代测序平台产生的柳叶绿体(Cp)基因组的序列读数，我们组装了cp基因组的一个完整的环状假分子。该假分子长155,508个碱基，具有典型的四分体结构，包含两个单复制区，一个大的单复制区(LSC，84,385个碱基)和一个小的单复制区(SSC，16,209个碱基)，由反向重复区域(IRS，27,457个碱基)隔开。基因注释显示，该基因组编码119个独特基因，包括4个核糖体RNA基因、30个转移RNA基因、82个蛋白质编码基因和3个假基因。对重复序列的分析发现31个串联重复序列，16个正向重复序列和5个回文重复序列。此外，共检测到148个核苷酸组成为A/T显性的完美微卫星。通过将该cp基因组与其他玫瑰属植物的基因组进行比较，发现IR/SSC边界发生了显著的变化。我们还根据32个物种的cp基因组中存在的66个同源蛋白编码基因构建了系统发育树，以证明苏氏血吸虫在Rosidae中的系统发育地位。根据伪小分子对30个扩增片段进行测序以进行实验验证，发现苏氏链球菌cp基因组组装的准确率为99.88%。因此，我们组装了一个高质量的苏州柳树cp基因组的假分子，这是一个有用的资源，有助于这种灌木柳树发展成为更高产的生物能源作物。
By screening sequence reads from the Salix suchowensis chloroplast (cp) genome that were generated by next-generation sequencing platforms, we assembled a complete circular pseudomolecule for the cp genome. This pseudomolecule is 155,508 bp long and has a typical quadripartite structure that contains two single copy regions, a large single copy region (LSC, 84,385 bp), and a small single copy region (SSC, 16,209 bp) separated by inverted repeat regions (IRs, 27,457 bp). Gene annotation revealed that the S. suchowensis cp genome encoded 119 unique genes, including four ribosome RNA genes, 30 transfer RNA genes, 82 protein-coding genes, and three pseudogenes. Analysis of the repetitive sequences revealed 31 tandem repeats, 16 forward repeats, and five palindromic repeats. In addition, a total of 148 perfect microsatellites, which were characterized as A/T dominant in nucleotide composition, were detected. Significant shifting of the IR/SSC boundaries was revealed by comparing this cp genome with those of other rosid plants. We also constructed phylogenetic trees to demonstrate the phylogenetic position of S. suchowensis in Rosidae based on 66 orthologous protein-coding genes present in the cp genomes of 32 species. Sequencing 30 amplicons based on the pseudomolecule for experimental verification revealed 99.88% accuracy for the S. suchowensis cp genome assembly. Therefore, we assembled a high-quality pseudomolecule of the S. suchowensis cp genome, which is a useful resource for facilitating development of this shrub willow into a more productive bioenergy crop.
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影响因子：
4.9
作者：
Arroyo-Garcia, R.;Ruiz-Garcia, L.;Martinez-Zapater, J. M.
通讯作者：
Martinez-Zapater, J. M.
DOI：
--
发表时间：
2015-03
期刊：
Journal of Nature and Science
影响因子：
--
作者：
Zhiqiang Wu
通讯作者：
Zhiqiang Wu
DOI：
10.1079/9780851999043.0000
发表时间：
2004-12
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
R. Henry
通讯作者：
R. Henry
影响因子：
5.8
作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.
影响因子：
64.8
作者：
Huang, CY;Ayliffe, MA;Timmis, JN
通讯作者：
Timmis, JN