The contribution of rare variation to prostate cancer heritability.
The contribution of rare variation to prostate cancer heritability.
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DOI：
10.1038/ng.3446
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发表时间：
2016-01
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Reich D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mancuso N;Rohland N;Rand KA;Tandon A;Allen A;Quinque D;Mallick S;Li H;Stram A;Sheng X;Kote-Jarai Z;Easton DF;Eeles RA;PRACTICAL consortium;Le Marchand L;Lubwama A;Stram D;Watya S;Conti DV;Henderson B;Haiman CA;Pasaniuc B;Reich D
我们报告了在9，237名男性的多祖先研究中对63个已知前列腺癌风险区域进行的靶向测序，并使用这些数据来探索低频变异对疾病风险的贡献。我们发现，0.1-1%的次要等位基因频率（MAF）的SNP解释了非洲血统男性前列腺癌风险的很大一部分。我们估计这些SNP占0.12（标准误差（s.e.）= 0.05）的风险方差（约42%的方差由SNP贡献，MAF为0.1-50%）。这一贡献远大于这类SNP导致的中性变异的比例，这意味着自然选择降低了许多前列腺癌风险等位基因的频率;我们估计Eyre-Walker模型下选择和等位基因效应之间的耦合为0.48（95%置信区间[0.19，0.78]）。我们的研究结果表明，罕见变异对前列腺癌的遗传风险做出了不成比例的贡献，并表明罕见变异也可能对其他常见性状产生巨大影响。
We report targeted sequencing of 63 known prostate cancer risk regions in a multi-ancestry study of 9,237 men and use the data to explore the contribution of low-frequency variation to disease risk. We show that SNPs with minor allele frequencies (MAFs) of 0.1–1% explain a substantial fraction of prostate cancer risk in men of African ancestry. We estimate that these SNPs account for 0.12 (standard error (s.e.) = 0.05) of variance in risk (~42% of the variance contributed by SNPs with MAF of 0.1–50%). This contribution is much larger than the fraction of neutral variation due to SNPs in this class, implying that natural selection has driven down the frequency of many prostate cancer risk alleles; we estimate the coupling between selection and allelic effects at 0.48 (95% confidence interval [0.19, 0.78]) under the Eyre-Walker model. Our results indicate that rare variants make a disproportionate contribution to genetic risk for prostate cancer and suggest the possibility that rare variants may also have an outsize effect on other common traits.
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DOI：
10.1073/pnas.0906182107
发表时间：
2010-01-26
影响因子：
11.1
作者：
Eyre-Walker, Adam
通讯作者：
Eyre-Walker, Adam
影响因子：
4.5
作者：
Hazelett DJ;Rhie SK;Gaddis M;Yan C;Lakeland DL;Coetzee SG;Ellipse/GAME-ON consortium;Practical consortium;Henderson BE;Noushmehr H;Cozen W;Kote-Jarai Z;Eeles RA;Easton DF;Haiman CA;Lu W;Farnham PJ;Coetzee GA
通讯作者：
Coetzee GA
影响因子：
9.2
作者：
Chang CC;Chow CC;Tellier LC;Vattikuti S;Purcell SM;Lee JJ
通讯作者：
Lee JJ
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--
使用下一代 DNA 测序数据进行变异发现和基因分型的框架。
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
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