A Customizable Suite of Methods to Sequence and Annotate Cattle Antibodies.
A Customizable Suite of Methods to Sequence and Annotate Cattle Antibodies.
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DOI：
10.3390/vaccines11061099
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发表时间：
2023-06-14
期刊：
影响因子：
7.8
通讯作者：
Hammond JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ramirez Valdez K;Nzau B;Dorey-Robinson D;Jarman M;Nyagwange J;Schwartz JC;Freimanis G;Steyn AW;Warimwe GM;Morrison LJ;Mwangi W;Charleston B;Bonnet-Di Placido M;Hammond JA
研究对感染或疫苗接种的抗体反应对于开发更有效的疫苗和治疗方法至关重要。高通量抗体测序技术和免疫信息学工具的进步现在使得对任何物种的抗体谱进行快速和全面的高分辨率分析成为可能。在这里，我们详细介绍了一套灵活的、可定制的方法，从牛的流式细胞术、单细胞分选、重链和轻链扩增到抗体测序。这些方法被成功地用于分离天然的重链-轻链对，包括适应10x基因组学平台。当与Ig-Sequence多物种注释工具相结合时，该套件是以高分辨率和精确度研究牛抗体反应的强大工具包。使用三个工作流程，我们处理了84、96和8313个牛B细胞，并分别对24、31和4756对抗体重轻链进行了测序。就吞吐量、时间表、专业设备和成本而言，每种方法都有各自的优势和局限性。此外，这里概述的原理可以应用于研究其他哺乳动物物种的抗体反应。
Studying the antibody response to infection or vaccination is essential for developing more effective vaccines and therapeutics. Advances in high-throughput antibody sequencing technologies and immunoinformatic tools now allow the fast and comprehensive analysis of antibody repertoires at high resolution in any species. Here, we detail a flexible and customizable suite of methods from flow cytometry, single cell sorting, heavy and light chain amplification to antibody sequencing in cattle. These methods were used successfully, including adaptation to the 10x Genomics platform, to isolate native heavy–light chain pairs. When combined with the Ig-Sequence Multi-Species Annotation Tool, this suite represents a powerful toolkit for studying the cattle antibody response with high resolution and precision. Using three workflows, we processed 84, 96, and 8313 cattle B cells from which we sequenced 24, 31, and 4756 antibody heavy–light chain pairs, respectively. Each method has strengths and limitations in terms of the throughput, timeline, specialist equipment, and cost that are each discussed. Moreover, the principles outlined here can be applied to study antibody responses in other mammalian species.
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DOI：
10.3390/v15040863
发表时间：
2023-03-28
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Wang L;Madera R;Li Y;Gladue DP;Borca MV;McIntosh MT;Shi J
通讯作者：
Shi J
DOI：
10.1073/pnas.85.11.3995
发表时间：
1988-06-01
影响因子：
11.1
作者：
BORREBAECK, CAK;DANIELSSON, L;MOLLER, SA
通讯作者：
MOLLER, SA
影响因子：
7.3
作者：
Diks AM;Overduin LA;van Leenen LD;Slobbe L;Jolink H;Visser LG;van Dongen JJM;Berkowska MA
通讯作者：
Berkowska MA
DOI：
10.1002/cyto.a.24683
发表时间：
2023-01
期刊：
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
CLACKSON, T;HOOGENBOOM, HR;WINTER, G
通讯作者：
WINTER, G