A new basal promoter element recognized by RNA polymerase core enzyme.
A new basal promoter element recognized by RNA polymerase core enzyme.
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DOI：
10.1038/emboj.2011.252
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发表时间：
2011-07-26
期刊：
影响因子：
11.4
通讯作者：
Zenkin, Nikolay
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuzenkova, Yulia;Tadigotla, Vasisht R.;Severinov, Konstantin;Zenkin, Nikolay
细菌启动子是由RNA聚合酶(RNAP) σ亚基识别的，它特异性地与−10和−35启动子元件相互作用。在这里，我们提供的证据表明，β ' zipper是RNAP核心最大亚基的一个进化上保守的环，与启动子间隔子相互作用，促进了稳定的封闭启动子复合物的形成。启动子间隔子是分离- 10和- 35启动子元件的DNA片段。根据间隔序列的不同，β '拉链与间隔序列的相互作用也可以促进开放启动子复合物的形成，甚至可以替代σ亚基与−35元件的相互作用。这些结果表明，存在一类新的启动子，它们的活性依赖于β '拉链与启动子间隔的相互作用，而不是σ亚基与−35元素的相互作用。最后，我们的数据表明，β '拉链与DNA的序列依赖相互作用可以促进启动子-近端σ依赖RNAP暂停，这是最近公认的转录控制的重要步骤。
Bacterial promoters are recognized by RNA polymerase (RNAP) σ subunit, which specifically interacts with the −10 and −35 promoter elements. Here, we provide evidence that the β′ zipper, an evolutionarily conserved loop of the largest subunit of RNAP core, interacts with promoter spacer, a DNA segment that separates the −10 and −35 promoter elements, and facilitates the formation of stable closed promoter complex. Depending on the spacer sequence, the proposed interaction of the β′ zipper with the spacer can also facilitate open promoter complex formation and even substitute for interactions of the σ subunit with the −35 element. These results suggest that there exists a novel class of promoters that rely on interaction of the β′ zipper with promoter spacer, along with or instead of interactions of σ subunit with the −35 element, for their activity. Finally, our data suggest that sequence-dependent interactions of the β′ zipper with DNA can contribute to promoter-proximal σ-dependent RNAP pausing, a recently recognized important step of transcription control.
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DOI：
10.1073/pnas.0401929101
发表时间：
2004-05-04
影响因子：
11.1
作者：
Liu, MF;Tolstorukov, M;Adhya, S
通讯作者：
Adhya, S
影响因子：
3.6
作者：
Hatoum, Asma;Roberts, Jeffrey
通讯作者：
Roberts, Jeffrey
影响因子：
64.5
作者：
Ring, BZ;Yarnell, WS
通讯作者：
Yarnell, WS
影响因子：
16.8
作者：
Nickels, BE;Mukhopadhyay, J;Hochschild, A
通讯作者：
Hochschild, A
影响因子：
16.8
作者：
Brodolin, K;Zenkin, N;Heumann, H
通讯作者：
Heumann, H