Predicting protein folds with fold-specific PSSM libraries.
Predicting protein folds with fold-specific PSSM libraries.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0020557
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Patterson RL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hong Y;Chintapalli SV;Ko KD;Bhardwaj G;Zhang Z;van Rossum D;Patterson RL
准确分配不同蛋白质序列的折叠是结构研究的主要障碍。在这里，我们概述了一个有效的方法，折叠识别使用PSSM，其中每一个是为不同的蛋白质折叠。我们的分析表明，FSL（折叠特异性位置特异性评分矩阵库）可以预测/相关的结构，只有他们的氨基酸序列的高度不同的蛋白质。这种检测远缘关系的能力依赖于从FSL获得的低同一性序列比对。我们的实验结果表明，FSL在识别“twilight-zone”SABmark数据集的褶皱方面表现良好。此外，该方法能够在新确定的结构中准确地预测褶皱。我们建议，通过建立完整的PSSM库中的所有独特的折叠蛋白质数据库（PDB），FSL可以用来快速，可靠地注释蛋白质组水平的蛋白质折叠的一个大的子集。我们的FSL的相关程序和特定于折叠的PSSM可在http://ccp.psu.edu/download/FSLv1.0/上公开获取。
Accurately assigning folds for divergent protein sequences is a major obstacle to structural studies. Herein, we outline an effective method for fold recognition using sets of PSSMs, each of which is constructed for different protein folds. Our analyses demonstrate that FSL (Fold-specific Position Specific Scoring Matrix Libraries) can predict/relate structures given only their amino acid sequences of highly divergent proteins. This ability to detect distant relationships is dependent on low-identity sequence alignments obtained from FSL. Results from our experiments demonstrate that FSL perform well in recognizing folds from the “twilight-zone” SABmark dataset. Further, this method is capable of accurate fold prediction in newly determined structures. We suggest that by building complete PSSM libraries for all unique folds within the Protein Database (PDB), FSL can be used to rapidly and reliably annotate a large subset of protein folds at proteomic level. The related programs and fold-specific PSSMs for our FSL are publicly available at: http://ccp.psu.edu/download/FSLv1.0/.
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