Massive expansion of human gut bacteriophage diversity.
Massive expansion of human gut bacteriophage diversity.
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DOI：
10.1016/j.cell.2021.01.029
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发表时间：
2021-02-18
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Lawley TD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Camarillo-Guerrero LF;Almeida A;Rangel-Pineros G;Finn RD;Lawley TD
噬菌体通过创建基因流网络来推动细菌群落的进化，从而促进生态适应。然而，病毒多样性的程度及其在人类肠道中的流行程度在很大程度上仍然未知。在这里，我们介绍了肠道噬菌体数据库，这是一个由28，060个全球分布的人类肠道宏基因组和2，898个培养的肠道细菌参考基因组组成的数据集，收集了142，000个非冗余病毒基因组（>10 kb）。宿主分配显示，病毒多样性在厚壁菌门中最高，并且约36%的病毒簇（VC）不限于单一物种，从而在遗传学上不同的细菌物种之间形成基因流网络。流行病学分析发现了至少在5大洲发现的280种全球分布的VC和一个高度流行的噬菌体进化枝，其特征使人想起p-crAs时代。这种高质量，大规模的噬菌体基因组目录将改善未来的病毒组研究，并使人类肠道噬菌体的生态和进化分析成为可能。数据库包含来自28，060个宏基因组的142，809个非冗余肠道噬菌体基因组宿主分配揭示了肠道细菌分离株的噬菌体多样性和宿主范围流行病学分析揭示了全球分布的280个病毒簇Gubaphage是一个感染拟杆菌目几个成员的进化枝通过挖掘人类肠道宏基因组和肠道细菌分离株，Camarillo-Guerrero et al.将高质量的肠道噬菌体基因组编入肠道噬菌体数据库（GPD），并分析噬菌体的多样性和全球分布。
Bacteriophages drive evolutionary change in bacterial communities by creating gene flow networks that fuel ecological adaptions. However, the extent of viral diversity and its prevalence in the human gut remains largely unknown. Here, we introduce the Gut Phage Database, a collection of ∼142,000 non-redundant viral genomes (>10 kb) obtained by mining a dataset of 28,060 globally distributed human gut metagenomes and 2,898 reference genomes of cultured gut bacteria. Host assignment revealed that viral diversity is highest in the Firmicutes phyla and that ∼36% of viral clusters (VCs) are not restricted to a single species, creating gene flow networks across phylogenetically distinct bacterial species. Epidemiological analysis uncovered 280 globally distributed VCs found in at least 5 continents and a highly prevalent phage clade with features reminiscent of p-crAssphage. This high-quality, large-scale catalog of phage genomes will improve future virome studies and enable ecological and evolutionary analysis of human gut bacteriophages. Database containing 142,809 non-redundant gut phage genomes from 28,060 metagenomes Host assignment reveals phage diversity and host range across gut bacteria isolates Epidemiology analysis unveils 280 viral clusters that are globally distributed The Gubaphage is a clade that infects several members of the Bacteroidales order By mining human gut metagenomes and gut bacteria isolates, Camarillo-Guerrero et al. compile high-quality gut bacteriophage genomes into the Gut Phage Database (GPD) and analyze the diversity and worldwide distribution of phage.
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影响因子：
10.7
作者：
Huerta-Cepas J;Forslund K;Coelho LP;Szklarczyk D;Jensen LJ;von Mering C;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
2.6
作者：
Hoyles, Lesley;McCartney, Anne L.;van Sinderen, Douwe
通讯作者：
van Sinderen, Douwe
影响因子：
4.4
作者：
Chen, Mianmian;Zhang, Lei;Zhang, Wei
通讯作者：
Zhang, Wei
DOI：
10.1073/pnas.1305923110
发表时间：
2013-06-25
影响因子：
11.1
作者：
Barr, Jeremy J.;Auro, Rita;Rohwer, Forest
通讯作者：
Rohwer, Forest
影响因子：
11.3
作者：
Edwards RA;McNair K;Faust K;Raes J;Dutilh BE
通讯作者：
Dutilh BE