Software for computing and annotating genomic ranges.
Software for computing and annotating genomic ranges.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1003118
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发表时间：
2013
影响因子：
4.3
通讯作者：
Carey VJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lawrence M;Huber W;Pagès H;Aboyoun P;Carlson M;Gentleman R;Morgan MT;Carey VJ
我们描述了BioConductor基础设施，用于表示和计算带注释的基因组范围，并将基因组数据与R及其扩展的统计计算特征相结合。基础设施的核心是三个包：IRanges、GenomicRanges和GenomicFeature。这些软件包提供了可扩展的数据结构，用于表示基因组上的注释范围，并特别支持转录本结构、阅读比对和覆盖载体。计算设施包括用于重叠和最近邻检测、覆盖计算和其他范围操作的高效算法。该基础设施直接支持80多个其他BioConductor包，包括用于序列分析、差异表达分析和可视化的包。
We describe Bioconductor infrastructure for representing and computing on annotated genomic ranges and integrating genomic data with the statistical computing features of R and its extensions. At the core of the infrastructure are three packages: IRanges, GenomicRanges, and GenomicFeatures. These packages provide scalable data structures for representing annotated ranges on the genome, with special support for transcript structures, read alignments and coverage vectors. Computational facilities include efficient algorithms for overlap and nearest neighbor detection, coverage calculation and other range operations. This infrastructure directly supports more than 80 other Bioconductor packages, including those for sequence analysis, differential expression analysis and visualization.
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影响因子：
46.9
作者：
Ji, Hongkai;Jiang, Hui;Ma, Wenxiu;Johnson, David S.;Myers, Richard M.;Wong, Wing H.
通讯作者：
Wong, Wing H.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
5.8
作者：
Morgan, Martin;Anders, Simon;Gentleman, Robert
通讯作者：
Gentleman, Robert
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard