An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data.
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DOI：
10.1038/nbt.1505
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发表时间：
2008-11
影响因子：
46.9
通讯作者：
Wong, Wing H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ji, Hongkai;Jiang, Hui;Ma, Wenxiu;Johnson, David S.;Myers, Richard M.;Wong, Wing H.
CisGenome是一个用于分析全基因组染色质免疫沉淀（ChIP）数据的软件系统。它旨在满足ChIP数据分析的所有基本需求，包括可视化、数据标准化、峰值检测、错误发现率（FDR）计算、基因 - 峰值关联以及序列和基序分析。除了实现先前发表的ChIP - 芯片分析方法外，该软件还包含专门为ChIP - seq数据设计的新统计方法。CisGenome采用模块化设计，因此它既支持通过图形用户界面进行交互式分析，也支持针对高级数据挖掘的定制批处理模式计算。一个内置浏览器允许对阵列图像、信号、基因结构、保守性以及DNA序列和基序信息进行可视化。我们通过对转录因子NRSF/REST的ChIP - 芯片和ChIP - seq数据进行比较分析、一项无阴性对照样本的ChIP - seq分析研究以及对Nanog和Sox2结合区域的一个新基序的分析来说明这些工具的使用。
CisGenome is a software system for analyzing genome-wide chromatin immunoprecipitation (ChIP) data. It is designed to meet all basic needs of ChIP data analyses, including visualization, data normalization, peak detection, false discovery rate (FDR) computation, gene-peak association, and sequence and motif analysis. In addition to implementing previously published ChIP-chip analysis methods, the software contains new statistical methods designed specifically for ChIP-seq data. CisGenome has a modular design so that it supports interactive analyses through a graphic user interface as well as customized batch-mode computation for advanced data mining. A built-in browser allows visualization of array images, signals, gene structure, conservation, and DNA sequence and motif information. We illustrate the use of these tools by a comparative analysis of ChIP-chip and ChIP-seq data for the transcription factor NRSF/REST, a study of ChIP-seq analysis without negative control sample, and an analysis of a novel motif in Nanog- and Sox2-binding regions.
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