Human population structure detection via multilocus genotype clustering.
Human population structure detection via multilocus genotype clustering.
复制标题
通过多焦点基因型聚类检测人口结构。
DOI：
10.1186/1471-2156-8-34
复制
发表时间：
2007-06-25
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Starmer, Joshua
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao, Xiaoyi;Starmer, Joshua
我们描述了一个层次聚类算法，使用单核苷酸多态性（SNP）的遗传数据分配个人的人口。该方法不需要假设样本群体个体间的Hardy-Weinberg平衡和基因座间的连锁平衡。我们表明，该算法可以高度准确地分配样本个人到他们相应的种族群体在我们的测试中使用HapMap SNP数据，它也是强大的混合人口进行测试时，与Perlegen SNP数据。此外，它可以检测精细尺度的人口结构之间的中国和日本的使用全基因组的高多样性SNP位点。该算法为流行的STRUCTURE程序提供了一种替代方法，尤其适用于全基因组关联研究中的精细规模群体结构检测。这是第一次成功地分离中国和日本样本使用随机SNP位点具有高度的统计支持。
We describe a hierarchical clustering algorithm for using Single Nucleotide Polymorphism (SNP) genetic data to assign individuals to populations. The method does not assume Hardy-Weinberg equilibrium and linkage equilibrium among loci in sample population individuals. We show that the algorithm can assign sample individuals highly accurately to their corresponding ethnic groups in our tests using HapMap SNP data and it is also robust to admixed populations when tested with Perlegen SNP data. Moreover, it can detect fine-scale population structure as subtle as that between Chinese and Japanese by using genome-wide high-diversity SNP loci. The algorithm provides an alternative approach to the popular STRUCTURE program, especially for fine-scale population structure detection in genome-wide association studies. This is the first successful separation of Chinese and Japanese samples using random SNP loci with high statistical support.
登录
查看更多内容
影响因子：
56.9
作者：
Rosenberg, NA;Pritchard, JK;Feldman, MW
通讯作者：
Feldman, MW
影响因子：
4.5
作者：
McVean G;Spencer CC;Chaix R
通讯作者：
Chaix R
影响因子：
56.9
作者：
Hinds, DA;Stuve, LL;Cox, DR
通讯作者：
Cox, DR
影响因子：
1.8
作者：
Purcell, S;Sham, P
通讯作者：
Sham, P
影响因子：
64.8
作者：
BOWCOCK, AM;RUIZLINARES, A;CAVALLISFORZA, LL
通讯作者：
CAVALLISFORZA, LL