Beyond standard pipeline and p < 0.05 in pathway enrichment analyses.
Beyond standard pipeline and p < 0.05 in pathway enrichment analyses.
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在途径富集分析中超过标准管道和p < 0.05。
DOI：
10.1016/j.compbiolchem.2021.107455
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发表时间：
2021-06
影响因子：
3.1
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
标准途径/基因集富集分析（过度代表性分析）基于四个值：两个基因集的大小、它们重叠的大小以及从中选择基因集的基因宇宙的大小。此类分析的标准结果基于统计检验的 p 值。我们通过六个注意事项补充了这个标准流程：（1）任何区分富集基因集和非富集基因集的 p 值阈值在某种程度上都是任意的； (2) 基因集中的基因可能是相关的，这可能会夸大基因集的大小； (3) 任何试图实施多重检测修正的行为都会增加漏报率； (4) 基因集数据库中的基因集可能是相关的，可能会过多计算多重检验校正的因子； (5) 数据的离散性质使得计数的最小变化可能导致基于 p 值阈值的结论发生量子变化； (6) 这两个基因集可能不是从所有人类基因的宇宙中选择的，而是实际上从该宇宙的一个子集，甚至是所有基因的两个不同子集中选择的。仔细重新考虑这些问题可能会对富集分析结论产生影响。我们的部分警告反映了统计学家的呼吁，即从数据中得出结论不是 p 值小于 0.05 的简单问题，而是一个经过深思熟虑和尽职调查的过程。
A standard pathway/gene-set enrichment analysis, the over-representation analysis, is based on four values: the size of two gene-sets, size of their overlap, and size of the gene universe from which the gene-sets are chosen. The standard result of such an analysis is based on the p-value of a statistical test. We supplement this standard pipeline by six cautions: (1) any p-value threshold to distinguish enriched gene-sets from not-enriched ones is to certain degree arbitrary; (2) genes in a gene-set may be correlated, which potentially overcount the gene-set size; (3) any attempt to impose multiple testing correction will increase the false negative rate; (4) gene-sets in a gene-set database may be correlated, potentially overcount the factor for multiple testing correction; (5) the discrete nature of the data make it possible that a minimum change in counts may lead to a quantum change in the p-value threshold-based conclusion; (6) the two gene-sets may not be chosen from the universe of all human genes, but in fact from a subset of that universe, or even two different subsets of all genes. Careful reconsideration of these issues can have an impact on an enrichment analysis conclusion. Part of our cautions mirror the call from statistician that reaching conclusion from data is not a simple matter of p-value smaller than 0.05, but a thoughtful process with due diligences.
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DOI：
10.1007/978-1-4939-3743-1_13
发表时间：
2017-01-01
期刊：
GENE ONTOLOGY HANDBOOK
影响因子：
--
作者：
Bauer, Sebastian
通讯作者：
Bauer, Sebastian
影响因子：
1.8
作者：
Lenth, RV
通讯作者：
Lenth, RV
影响因子：
5.8
作者：
Carvajal-Rodriguez, Antonio
通讯作者：
Carvajal-Rodriguez, Antonio
影响因子：
3.1
作者：
Li, Wentian;Freudenberg, Jan;Yang, Yaning
通讯作者：
Yang, Yaning
影响因子：
1.8
作者：
Benjamin, Daniel J.;Berger, James O.
通讯作者：
Berger, James O.