Does the upstream region possessing MULE-like sequence in rice upregulate PsbS1 gene expression?
Does the upstream region possessing MULE-like sequence in rice upregulate PsbS1 gene expression?
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水稻中具有m子样序列的上游区域是否上调PSB1基因表达？
DOI：
10.1371/journal.pone.0102742
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Uchimiya H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nuruzzaman M;Kanno T;Amada R;Habu Y;Kasajima I;Ishikawa T;Kawai-Yamada M;Uchimiya H
粳稻（Sasanishiki和Nipponbare）的基因组核苷酸序列在OsPsbS1基因上游0.4 kb处含有约2.7 kb的独特区域。在本研究中，我们发现除了少数例外，具有这种DNA序列的粳稻[表示为OsMULE-japonica特异性序列（JSS）]与Mutator-like-element （MULE）的存在不同。这一序列在大多数籼稻品种和glaberrima水稻中均不存在。在OsMULE-JSS1中，我们注意到可能存在靶位点重复（TSD； CTTTTCCAG）和TSD附近约80 bp的末端反向重复（TIR）。我们还发现强光增强了ospsbs1 mRNA的积累，这与OsMULE/JSS的DNA甲基化状态无关。此外，还发现可能是现代水稻品种祖先的O. rufipogon具有粳稻（小）型和籼稻（大）型的PsbS基因。瞬时基因表达试验表明，粳稻型启动子比籼稻型启动子提高了一个报告基因的活性。
The genomic nucleotide sequences of japonica rice (Sasanishiki and Nipponbare) contained about 2.7-kb unique region at the point of 0.4-kb upstream of the OsPsbS1 gene. In this study, we found that japonica rice with a few exceptions possessing such DNA sequences [denoted to OsMULE-japonica specific sequence (JSS)] is distinct by the presence of Mutator-like-element (MULE). Such sequence was absent in most of indica cultivars and Oryza glaberrima. In OsMULE-JSS1, we noted the presence of possible target site duplication (TSD; CTTTTCCAG) and about 80-bp terminal inverted repeat (TIR) near TSD. We also found the enhancement ofOsPsbS1 mRNA accumulation by intensified light, which was not associated with the DNA methylation status in OsMULE/JSS. In addition, O. rufipogon, possible ancestor of modern rice cultivars was found to compose PsbS gene of either japonica (minor) or indica (major) type. Transient gene expression assay showed that the japonica type promoter elevated a reporter gene activity than indica type.
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DOI：
10.1073/pnas.0403715101
发表时间：
2004-08-24
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作者：
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通讯作者：
Bennetzen, JL