Improved Database Filtering Technology Enables More Efficient Ab Initio Design of Potent Peptides against Ebola Viruses.
Improved Database Filtering Technology Enables More Efficient Ab Initio Design of Potent Peptides against Ebola Viruses.
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DOI：
10.3390/ph15050521
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发表时间：
2022-04-24
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SARS-CoV-2 等病毒的快速突变需要更新疫苗和开发新型抗病毒药物。本文提出了一种改进的数据库过滤技术，可以更有效地设计新型抗病毒药物。与之前从抗菌肽数据库中逐步获得最可能参数的方法不同，我们发现在肽氨基酸分析过程中通过一步推导多个参数可以加速设计过程。所得肽 DFTavP1 显示出抑制埃博拉病毒的能力。偏离最可能的肽参数会降低抗病毒活性。设计的肽似乎可以阻止病毒进入。此外，氨基酸特征为肽工程获得细胞选择性提供了线索。与人导管素 LL-37 一样，我们的工程肽 DDIP1 可抑制埃博拉病毒和 SARS-CoV-2 病毒。这些肽具有广泛的抗病毒活性，可以选择性地破坏病毒包膜，并提供治疗各种 RNA 病毒（包括其新出现的突变体）所需的持久功效。
The rapid mutations of viruses such as SARS-CoV-2 require vaccine updates and the development of novel antiviral drugs. This article presents an improved database filtering technology for a more effective design of novel antiviral agents. Different from the previous approach, where the most probable parameters were obtained stepwise from the antimicrobial peptide database, we found it possible to accelerate the design process by deriving multiple parameters in a single step during the peptide amino acid analysis. The resulting peptide DFTavP1 displays the ability to inhibit Ebola virus. A deviation from the most probable peptide parameters reduces antiviral activity. The designed peptides appear to block viral entry. In addition, the amino acid signature provides a clue to peptide engineering to gain cell selectivity. Like human cathelicidin LL-37, our engineered peptide DDIP1 inhibits both Ebola and SARS-CoV-2 viruses. These peptides, with broad antiviral activity, may selectively disrupt viral envelopes and offer the lasting efficacy required to treat various RNA viruses, including their emerging mutants.
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