EWF: simulating exact paths of the Wright-Fisher diffusion.
EWF: simulating exact paths of the Wright-Fisher diffusion.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad017
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发表时间：
2023-01-01
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赖特-费舍尔扩散在群体遗传学中非常重要，它可以模拟受选择、突变和遗传漂变等生物现象影响的等位基因频率随时间的演变。由于过渡密度的形式，模拟过程路径具有挑战性。我们提出了 EWF，一种强大而高效的采样器，它返回扩散和扩散桥过程的精确绘图，考虑了一般选择模型，包括具有频率依赖性的模型。给定选择、变异和端点的配置，EWF 根据相应的赖特-费舍尔过程定律返回所请求的采样时间。通过 Kolmogorov-Smirnov 检验和 QQ 图与跃迁密度的近似值进行比较来验证输出。所有软件均可从 https://github.com/JaroSant/EWF 获取。 补充数据可在生物信息学在线获取。
The Wright–Fisher diffusion is important in population genetics in modelling the evolution of allele frequencies over time subject to the influence of biological phenomena such as selection, mutation and genetic drift. Simulating the paths of the process is challenging due to the form of the transition density. We present EWF, a robust and efficient sampler which returns exact draws for the diffusion and diffusion bridge processes, accounting for general models of selection including those with frequency dependence. Given a configuration of selection, mutation and endpoints, EWF returns draws at the requested sampling times from the law of the corresponding Wright–Fisher process. Output was validated by comparison to approximations of the transition density via the Kolmogorov–Smirnov test and QQ plots. All softwares are available at https://github.com/JaroSant/EWF. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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