Nucleotide selection by the Y-family DNA polymerase Dpo4 involves template translocation and misalignment.
Nucleotide selection by the Y-family DNA polymerase Dpo4 involves template translocation and misalignment.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1149
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发表时间：
2014-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Romano LJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brenlla A;Markiewicz RP;Rueda D;Romano LJ
Y家族DNA聚合酶在跨损伤DNA合成中起着至关重要的作用。在这里，我们的特点是结合动力学和构象动力学的Y-家族聚合酶硫磺硫化叶菌P2 DNA聚合酶IV（DPO 4）使用单分子荧光。我们发现，在没有dNTPs的情况下，二元复合物穿梭于两种不同的构象之间，在100秒内。这些数据与先前的晶体结构一致，其中核苷酸结合位点要么被末端碱基对占据（插入前构象），要么在Dpo 4易位1个碱基对后为空（插入构象）。最有趣的是，在dNTP结合时，只观察到插入构象，与二元复合物相比，正确的dNTP稳定了该复合物，而不正确的dNTP使其不稳定。然而，如果n+1模板碱基与引入的dNTP互补，则观察到与未对齐模板构象一致的结构，其中n位置的模板碱基环出。该结构提供了涉及瞬时未对准机制的Dpo 4诱变途径的证据。
Y-family DNA polymerases play a crucial role in translesion DNA synthesis. Here, we have characterized the binding kinetics and conformational dynamics of the Y-family polymerase Sulfolobus solfataricus P2 DNA polymerase IV (Dpo4) using single-molecule fluorescence. We find that in the absence of dNTPs, the binary complex shuttles between two different conformations within ∼1 s. These data are consistent with prior crystal structures in which the nucleotide binding site is either occupied by the terminal base pair (preinsertion conformation) or empty following Dpo4 translocation by 1 base pair (insertion conformation). Most interestingly, on dNTP binding, only the insertion conformation is observed and the correct dNTP stabilizes this complex compared with the binary complex, whereas incorrect dNTPs destabilize it. However, if the n+1 template base is complementary to the incoming dNTP, a structure consistent with a misaligned template conformation is observed, in which the template base at the n position loops out. This structure provides evidence for a Dpo4 mutagenesis pathway involving a transient misalignment mechanism.
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DOI：
10.1016/j.bbapap.2009.07.021
发表时间：
2010-05
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Joyce CM
通讯作者：
Joyce CM
影响因子：
4.8
作者：
Boudsocq, F;Kokoska, RJ;Woodgate, R
通讯作者：
Woodgate, R
影响因子：
2.9
作者：
Joyce, Catherine M.;Potapova, Olga;Grindley, Nigel D. F.
通讯作者：
Grindley, Nigel D. F.
影响因子：
4.4
作者：
Sabanayagam, CR;Eid, JS;Meller, A
通讯作者：
Meller, A
DOI：
10.1016/j.bbapap.2010.01.020
发表时间：
2010-05
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Pata JD
通讯作者：
Pata JD