Integrative functional genomics decodes herpes simplex virus 1
Integrative functional genomics decodes herpes simplex virus 1
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综合功能基因组学解码单纯疱疹病毒 1
DOI：
10.1038/s41467-020-15992-5
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发表时间：
2020
影响因子：
16.6
通讯作者：
Künzig
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Whisnant;Adam W;Jürges;Christopher S;Hennig;Thomas;Emanuel;Prusty;Bhupesh;Rutkowski;Andrzej J;L'hernault;Djakovic;Göbel;Margarete;Döring;Kristina;Menegatti;Jennifer;Antrobus;Matheson;Nicholas J;Künzig
单纯疱疹病毒1型（HSV-1）的80个开放阅读框（ORF）已被广泛研究了几十年。在这里，我们解开完整的病毒转录组和translatome裂解感染与碱基对分辨率的计算集成的多组学数据。我们确定了201个转录本和284个ORF，包括所有已知的和46个新的大ORF。这包括FDA批准的溶瘤病毒Imlygic中缺失的基因座中迄今未知的ORF。从单个基因位点表达的多种转录异构体解释了绝大多数ORF的翻译以及N-末端延伸（NTE）和截短。我们发现，非典型的起始密码子的NTE管理的亚细胞蛋白定位和包装的关键病毒调节因子和结构蛋白。我们扩展了目前的命名法，包括所有病毒基因产物，并提供了一个基因组浏览器，可视化所有获得的数据，从全基因组到单核苷酸分辨率。
The predicted 80 open reading frames (ORFs) of herpes simplex virus 1 (HSV-1) have been intensively studied for decades. Here, we unravel the complete viral transcriptome and translatome during lytic infection with base-pair resolution by computational integration of multi-omics data. We identify a total of 201 transcripts and 284 ORFs including all known and 46 novel large ORFs. This includes a so far unknown ORF in the locus deleted in the FDA-approved oncolytic virus Imlygic. Multiple transcript isoforms expressed from individual gene loci explain translation of the vast majority of ORFs as well as N-terminal extensions (NTEs) and truncations. We show that NTEs with non-canonical start codons govern the subcellular protein localization and packaging of key viral regulators and structural proteins. We extend the current nomenclature to include all viral gene products and provide a genome browser that visualizes all the obtained data from whole genome to single-nucleotide resolution.
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DOI：
10.1126/science.1227919
发表时间：
2012-11-23
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Stern-Ginossar N;Weisburd B;Michalski A;Le VT;Hein MY;Huang SX;Ma M;Shen B;Qian SB;Hengel H;Mann M;Ingolia NT;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
使用轮廓权重矩阵的多功能结构域分析服务器
DOI：
--
发表时间：
2002
期刊：
Journal of chemical information and computer sciences
影响因子：
--
作者：
Steffen Schmidt;P. Bork;T. Dandekar
通讯作者：
T. Dandekar
病毒编码的立即早期基因ICP27对单纯疱疹病毒1前mRNA剪接和多腺苷酸化的隐藏调控
影响因子：
6.7
作者：
Shuāng Táng;Amita Patel;P. Krause
通讯作者：
P. Krause
影响因子：
4.8
作者：
Mapelli, M;Panjikar, S;Tucker, PA
通讯作者：
Tucker, PA
DOI：
--
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
作者：
Knipe;D. Knipe
通讯作者：
D. Knipe