Genome-Wide Association Study Reveals the PLAG1 Gene for Knuckle, Biceps and Shank Weight in Simmental Beef Cattle.
Genome-Wide Association Study Reveals the PLAG1 Gene for Knuckle, Biceps and Shank Weight in Simmental Beef Cattle.
复制标题
全基因组关联研究揭示了西门塔尔肉牛指关节、二头肌和小腿重量的 PLAG1 基因
DOI：
10.1371/journal.pone.0168316
复制
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Li J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Song Y;Xu L;Chen Y;Zhang L;Gao H;Zhu B;Niu H;Zhang W;Xia J;Gao X;Li J
肉牛的胴体性状已经通过遗传改良来提高优质肉的产量。全基因组关联分析（GWAS）是鉴定与胴体性状相关的遗传变异的有效方法。本研究采用压缩混合线性模型（compressed mixed linear model，CMLM）对1141头中国西门塔尔牛的770 K基因型SNPs进行了全基因组牛肉胴体性状的关联分析。共发现17个显著相关的SNPs，分别位于BTA 6、BTA 14和BTA 15。有趣的是，在BTA 14上著名的基因区PLAG 1-CHCHD 7中，一个名为BovineHD 1400007259（p < 10−8）的多效性数量性状核苷酸（QTN）被发现控制着关节、二头肌和小腿性状的变异。QTN解释了二头肌表型变异的8.6%。此外，还检测到分布在BTA 14上的另外16个SNP与屠体性状相关。
Carcass traits of beef cattle have been genetically improved to increase yield of high quality meat. Genome-wide association study (GWAS) is a powerful method to identify genetic variants associated with carcass traits. For the 770K genotyped SNPs from 1141 Chinese Simmental cattle, we used the compressed mixed linear model (CMLM) to perform a genome-wide association study for knuckle, biceps and shank of beef carcass traits. Seventeen significantly associated SNPs were found, which are located on BTA6, BTA14 and BTA15. Interestingly, one pleiotropic quantitative trait nucleotide (QTN), named BovineHD1400007259 (p < 10−8) within the well-known gene region PLAG1-CHCHD7 on BTA14, was found to govern variation of the knuckle, biceps and shank traits. The QTN accounted for 8.6% of phenotypic variance for biceps. In addition, 16 more SNPs distributed on BTA14 were detected as being associated with the carcass traits.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1038/nrg2579
发表时间：
2009-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Cordell HJ
通讯作者：
Cordell HJ
基于通路的西门塔尔牛两种肉类生产性状的全基因组关联研究
影响因子：
4.6
作者：
Fan H;Wu Y;Zhou X;Xia J;Zhang W;Song Y;Liu F;Chen Y;Zhang L;Gao X;Gao H;Li J
通讯作者：
Li J
影响因子：
4.4
作者：
Gautier M;Flori L;Riebler A;Jaffrézic F;Laloé D;Gut I;Moazami-Goudarzi K;Foulley JL
通讯作者：
Foulley JL
影响因子：
5.8
作者：
Lipka, Alexander E.;Tian, Feng;Zhang, Zhiwu
通讯作者：
Zhang, Zhiwu
影响因子：
4.4
作者：
Pant, Sameer D.;Schenkel, Flavio S.;Karrow, Niel A.
通讯作者：
Karrow, Niel A.