IndelFR: a database of indels in protein structures and their flanking regions.
IndelFR: a database of indels in protein structures and their flanking regions.
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IndelFR：蛋白质结构及其侧翼区域的插入缺失数据库
DOI：
10.1093/nar/gkr1107
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Liu H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Z;Xing C;Wang L;Gong B;Liu H
插入/缺失（indel）是蛋白质序列变异最常见的方法之一。最近的研究表明，插入/缺失可以影响其侧翼区，对蛋白质的功能和进化具有重要意义。在这里，我们描述了插入缺失侧翼区数据库（IndelFR，http://indel.bioinfo.sdu.edu.cn），它提供了已知蛋白质结构域中插入缺失及其侧翼区的序列和结构信息。通过对SCOP超家族中的同源结构进行成对比对，获得了插入缺失。IndelFR数据库包含2 925 017个indel，其侧翼区是从1053个超家族的12 573个非冗余结构域的373 402个结构比对对中提取的。IndelFR提供了关于indel及其侧翼区的信息，包括氨基酸序列、长度、位置、二级结构组成、亲水/疏水性、结构域信息、三维结构等，已被用于分子进化研究，并将有助于推动indel及其侧翼区功能的进一步研究。
Insertion/deletion (indel) is one of the most common methods of protein sequence variation. Recent studies showed that indels could affect their flanking regions and they are important for protein function and evolution. Here, we describe the Indel Flanking Region Database (IndelFR, http://indel.bioinfo.sdu.edu.cn), which provides sequence and structure information about indels and their flanking regions in known protein domains. The indels were obtained through the pairwise alignment of homologous structures in SCOP superfamilies. The IndelFR database contains 2 925 017 indels with flanking regions extracted from 373 402 structural alignment pairs of 12 573 non-redundant domains from 1053 superfamilies. IndelFR provides access to information about indels and their flanking regions, including amino acid sequences, lengths, locations, secondary structure constitutions, hydrophilicity/hydrophobicity, domain information, 3D structures and so on. IndelFR has already been used for molecular evolution studies and may help to promote future functional studies of indels and their flanking regions.
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