Splicing of many human genes involves sites embedded within introns.
Splicing of many human genes involves sites embedded within introns.
复制标题
许多人类基因的剪接涉及嵌入内含子中的位点。
DOI：
10.1093/nar/gkv386
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发表时间：
2015-05-19
影响因子：
14.9
通讯作者：
Papantonis A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kelly S;Georgomanolis T;Zirkel A;Diermeier S;O'Reilly D;Murphy S;Längst G;Cook PR;Papantonis A
传统的剪接模型涉及切除每个内含子在一块，我们证明这不准确地描述了许多人类基因的剪接。首先，在启动SAMD 4A（具有134 KB长的第一个内含子的基因）的转录后，剪接将外显子1的3 '末端连接到内含子1内的连续点，早在外显子2的受体位点形成之前。其次，全基因组分析表明，>60%的活性基因产生由这种中间内含子剪接产生的产物。这些产物以初级转录物的0.15%的水平存在，由与在典型受体中发现的保守序列相似的保守序列编码，并以独特的结构和表观遗传特征为标志。最后，使用靶向基因组编辑，我们证明了抑制这些剪接中间体的形成会影响有效的外显子-外显子剪接。这些发现极大地扩展了人类转录组的功能和调控复杂性。
The conventional model for splicing involves excision of each intron in one piece; we demonstrate this inaccurately describes splicing in many human genes. First, after switching on transcription of SAMD4A, a gene with a 134 kb-long first intron, splicing joins the 3′ end of exon 1 to successive points within intron 1 well before the acceptor site at exon 2 is made. Second, genome-wide analysis shows that >60% of active genes yield products generated by such intermediate intron splicing. These products are present at ∼15% the levels of primary transcripts, are encoded by conserved sequences similar to those found at canonical acceptors, and marked by distinctive structural and epigenetic features. Finally, using targeted genome editing, we demonstrate that inhibiting the formation of these splicing intermediates affects efficient exon–exon splicing. These findings greatly expand the functional and regulatory complexity of the human transcriptome.
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