An Ebola virus-centered knowledge base.
An Ebola virus-centered knowledge base.
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DOI：
10.1093/database/bav049
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dumontier M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kamdar MR;Dumontier M
埃博拉病毒(Ebola Virus，EBOV)属于丝状病毒科病毒，是一种NIAID A类致死性人类病原体。它是导致埃博拉病毒病(EVD)的罪魁祸首，埃博拉病毒病是一种严重的出血热，在西非持续流行的疫情中累计死亡率为41%。人们越来越需要巩固和提供我们在EBOV上拥有的所有知识，即使它是相互冲突或不完整的。这将使生物医学研究人员能够了解这种疾病背后的分子机制，并有助于开发有效诊断和有效治疗的工具。在本文中，我们介绍了使用关联数据和语义网技术开发以埃博拉病毒为中心的知识库(Ebola-KB)的方法。我们从几个开放的数据源、Web服务和生物医学本体论中检索和聚合知识。这些知识被转换为RDF，链接到Bio2RDF数据集，并通过SPARQL 1.1端点提供。还可以使用交互式仪表板查看埃博拉知识库，直观地了解这一综合知识的不同视角。我们展示了如何将研究EBOV可制药性的领域用户提出的不同能力问题表述为SPARQL查询或使用Ebola-KB Dashboard回答。数据库地址：http://ebola.semanticscience.org.
Ebola virus (EBOV), of the family Filoviridae viruses, is a NIAID category A, lethal human pathogen. It is responsible for causing Ebola virus disease (EVD) that is a severe hemorrhagic fever and has a cumulative death rate of 41% in the ongoing epidemic in West Africa. There is an ever-increasing need to consolidate and make available all the knowledge that we possess on EBOV, even if it is conflicting or incomplete. This would enable biomedical researchers to understand the molecular mechanisms underlying this disease and help develop tools for efficient diagnosis and effective treatment. In this article, we present our approach for the development of an Ebola virus-centered Knowledge Base (Ebola-KB) using Linked Data and Semantic Web Technologies. We retrieve and aggregate knowledge from several open data sources, web services and biomedical ontologies. This knowledge is transformed to RDF, linked to the Bio2RDF datasets and made available through a SPARQL 1.1 Endpoint. Ebola-KB can also be explored using an interactive Dashboard visualizing the different perspectives of this integrated knowledge. We showcase how different competency questions, asked by domain users researching the druggability of EBOV, can be formulated as SPARQL Queries or answered using the Ebola-KB Dashboard. Database URL: http://ebola.semanticscience.org.
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DOI：
10.1056/nejmoa1411100
发表时间：
2014-10-16
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
WHO Ebola Response Team;Aylward B;Barboza P;Bawo L;Bertherat E;Bilivogui P;Blake I;Brennan R;Briand S;Chakauya JM;Chitala K;Conteh RM;Cori A;Croisier A;Dangou JM;Diallo B;Donnelly CA;Dye C;Eckmanns T;Ferguson NM;Formenty P;Fuhrer C;Fukuda K;Garske T;Gasasira A;Gbanyan S;Graaff P;Heleze E;Jambai A;Jombart T;Kasolo F;Kadiobo AM;Keita S;Kertesz D;Koné M;Lane C;Markoff J;Massaquoi M;Mills H;Mulba JM;Musa E;Myhre J;Nasidi A;Nilles E;Nouvellet P;Nshimirimana D;Nuttall I;Nyenswah T;Olu O;Pendergast S;Perea W;Polonsky J;Riley S;Ronveaux O;Sakoba K;Santhana Gopala Krishnan R;Senga M;Shuaib F;Van Kerkhove MD;Vaz R;Wijekoon Kannangarage N;Yoti Z
通讯作者：
Yoti Z
影响因子：
3
作者：
Chen B;Dong X;Jiao D;Wang H;Zhu Q;Ding Y;Wild DJ
通讯作者：
Wild DJ
影响因子：
3.7
作者：
ELLIOTT, LH;KILEY, MP;MCCORMICK, JB
通讯作者：
MCCORMICK, JB
DOI：
10.1126/science.1259657
发表时间：
2014-09-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gire SK;Goba A;Andersen KG;Sealfon RS;Park DJ;Kanneh L;Jalloh S;Momoh M;Fullah M;Dudas G;Wohl S;Moses LM;Yozwiak NL;Winnicki S;Matranga CB;Malboeuf CM;Qu J;Gladden AD;Schaffner SF;Yang X;Jiang PP;Nekoui M;Colubri A;Coomber MR;Fonnie M;Moigboi A;Gbakie M;Kamara FK;Tucker V;Konuwa E;Saffa S;Sellu J;Jalloh AA;Kovoma A;Koninga J;Mustapha I;Kargbo K;Foday M;Yillah M;Kanneh F;Robert W;Massally JL;Chapman SB;Bochicchio J;Murphy C;Nusbaum C;Young S;Birren BW;Grant DS;Scheiffelin JS;Lander ES;Happi C;Gevao SM;Gnirke A;Rambaut A;Garry RF;Khan SH;Sabeti PC
通讯作者：
Sabeti PC
DOI：
10.4018/978-1-60960-593-3.ch008
发表时间：
2011-01-01
期刊：
SEMANTIC SERVICES, INTEROPERABILITY AND WEB APPLICATIONS: EMERGING CONCEPTS
影响因子：
--
作者：
Bizer, Christian;Heath, Tom;Berners-Lee, Tim
通讯作者：
Berners-Lee, Tim