Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak.
Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak.
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DOI：
10.1126/science.1259657
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发表时间：
2014-09-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sabeti PC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gire SK;Goba A;Andersen KG;Sealfon RS;Park DJ;Kanneh L;Jalloh S;Momoh M;Fullah M;Dudas G;Wohl S;Moses LM;Yozwiak NL;Winnicki S;Matranga CB;Malboeuf CM;Qu J;Gladden AD;Schaffner SF;Yang X;Jiang PP;Nekoui M;Colubri A;Coomber MR;Fonnie M;Moigboi A;Gbakie M;Kamara FK;Tucker V;Konuwa E;Saffa S;Sellu J;Jalloh AA;Kovoma A;Koninga J;Mustapha I;Kargbo K;Foday M;Yillah M;Kanneh F;Robert W;Massally JL;Chapman SB;Bochicchio J;Murphy C;Nusbaum C;Young S;Birren BW;Grant DS;Scheiffelin JS;Lander ES;Happi C;Gevao SM;Gnirke A;Rambaut A;Garry RF;Khan SH;Sabeti PC
在其最大的爆发中，埃博拉病毒病正在几内亚、利比里亚、塞拉利昂和尼日利亚蔓延。我们对来自塞拉利昂78名患者的99个埃博拉病毒基因组进行了测序，覆盖率为2000×。我们观察到宿主间和宿主内遗传变异的快速积累，使我们能够描述流行病最初几周的病毒传播模式。这种西非变异可能在2004年左右从中非血统分化出来，于2014年5月从几内亚跨越到塞拉利昂，随后表现出持续的人传人，没有证据表明其他人畜共患病来源。由于许多突变改变了蛋白质序列和其他具有生物学意义的靶点，因此应监测它们对诊断、疫苗和对疫情应对至关重要的疗法的影响。
In its largest outbreak, Ebola virus disease is spreading through Guinea, Liberia, Sierra Leone, and Nigeria. We sequenced 99 Ebola virus genomes from 78 patients in Sierra Leone to ∼2000× coverage. We observed a rapid accumulation of interhost and intrahost genetic variation, allowing us to characterize patterns of viral transmission over the initial weeks of the epidemic. This West African variant likely diverged from central African lineages around 2004, crossed from Guinea to Sierra Leone in May 2014, and has exhibited sustained human-to-human transmission subsequently, with no evidence of additional zoonotic sources. Because many of the mutations alter protein sequences and other biologically meaningful targets, they should be monitored for impact on diagnostics, vaccines, and therapies critical to outbreak response.
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影响因子：
5.4
作者：
Holmes, EC
通讯作者：
Holmes, EC
影响因子：
5.4
作者：
Schreiber, Mark J.;Holmes, Edward C.;Hibberd, Martin L.
通讯作者：
Hibberd, Martin L.
DOI：
10.1073/pnas.93.8.3602
发表时间：
1996-04-16
影响因子：
11.1
作者：
Sanchez, A;Trappier, SG;Nichol, ST
通讯作者：
Nichol, ST
影响因子：
6.4
作者：
Volchkova, Valentina A.;Dolnik, Olga;Volchkov, Viktor E.
通讯作者：
Volchkov, Viktor E.
影响因子：
6.4
作者：
Towner, Jonathan S.;Sealy, Tara K.;Nichol, Stuart T.
通讯作者：
Nichol, Stuart T.