Data of de novo assembly and annotation of transcriptome from Aspidistra fenghuangensis (Asparagaceae: Nolinoideae)
Data of de novo assembly and annotation of transcriptome from Aspidistra fenghuangensis (Asparagaceae: Nolinoideae)
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凤凰蜘蛛（天门冬科：Nolinoideae）转录组的从头组装数据和注释
DOI：
10.1016/j.dib.2020.105738
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发表时间：
2020-05
期刊：
影响因子：
1.2
通讯作者：
Meng Ying
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meng Ran;Zhang Ji-Yuan;Zhang Dai-Gui;Nie Ze-Long;Meng Ying
Aspidistrais是一个草本植物大属，有130多种，生长在东南亚的热带森林中，特别是在中国南部和越南北方。该属的特点是其万年青的林下生境，花位于地面，或多或少隐藏在凋落物中。Aspidistra fenghuangensisis是目前仅在中国中部发现的一种。近年来，该属的种类有了很大的增加。然而，高通量测序数据从未在该属中报道过。在这里，我们对A.利用Illumina HiSeq2000获得了9.15Gb的干净数据。由于缺乏一个参考级的基因组在属，全新组装的转录组数据与完整的注释已经进行。该数据可通过NCBI BioProject（PRJNA608213）访问。
Aspidistrais a large genus of herbaceous plants with more than 130 species growing in tropical forests of SE Asia and specially diversified in southern China and northern Vietnam. The genus is characterized by its evergreen understorey habitats with flowers set at ground level and more or less hidden in litter material.Aspidistra fenghuangensisis a species currently only known from central China. In recent years, number of species in this genus has been greatly increased. However, the high throughput sequencing data have never been reported in this genus. Here, we sequenced the transcriptome ofA. fenghuangensisobtained from young leaves using the Illumina HiSeq2000 with 9.15Gb of clean data. Because of the absence of a reference-grade genome in the genus, ade novoassembly of the transcriptome data with full annotation have been carried out. This data is accessible via NCBI BioProject (PRJNA608213).
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
DOI：
--
发表时间：
2006
期刊：
Computer Engineering
影响因子：
--
作者：
He Fu-chu
通讯作者：
He Fu-chu
影响因子：
14.9
作者：
Tatusov, RL;Galperin, MY;Koonin, EV
通讯作者：
Koonin, EV
DOI：
10.1007/978-1-4939-9173-0_14
发表时间：
2019-01-01
期刊：
GENE PREDICTION: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Seppey, Mathieu;Manni, Mose;Zdobnov, Evgeny M.
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--